在軸心國服役的B-17

B-17曾在歐洲上空其著至關重要的作用，那么其中的也有少數的B-17落入軸心國手中。這些飛機中有的是受傷后迫降在德國占領區，還有的是德國人使用損毀的 B-17 部件拼湊成的。德國人通過各種手段大約使 40 架飛行堡壘重新恢復飛行，這是一個相當大的數量，在德國空軍中，飛行堡壘以“Do 200”的名義為掩護。大部分被俘獲的 B-17 都涂上了醒目的十字機徽，用于訓練戰斗機飛行員發展對付飛行堡壘編隊的戰術。但其中有一些也用于各種不同的秘密目的，例如滲透同盟國領空、空投特務、或為敵后的秘密據點空投補給。操作俘獲 B-17 進行上述秘密任務的最著名的德國空軍單位是第 200 轟炸機聯隊的第 1 大隊（KG200）。進入第 200 聯隊服役的 B-17 涂上德國空軍的十字徽，在機身側面標上以“A3”（KG200 的代碼）打頭的識別代碼并施以特別的夜間涂裝。為了執行特殊任務，德國人增加了一些設備：氣壓高度計、空速表以及 FuG 101 無線電高度計。除了第 1 大隊，B-17 還在 KG200 第 4 大隊擔任訓練任務。1944 年 8 月，B-17 開始在 KG200 服役，部署在芬特斯沃德（Finsterwalde）機場。由于德國沒有像飛行堡壘這樣強大的飛機，所以駕駛 B-17 的德國飛行員都感到很高興。二戰中這些 B-17 曾在蘇聯、波蘭、希臘、意大利、法國、比利時、荷蘭、中東和北非執行過秘密任務，為此還在北非沙漠中建造了秘密飛機跑道和燃料儲存設施。所有的飛行任務都是絕密級的，目的地只有飛行員和領航員知道。任務也相當相當危險：1944 年 12 月 20 日，一架 B-17 從波蘭克拉科（Cracow）機場起飛后搭載 6 名蘇聯特務飛往蘇聯敖德薩（Odessa）地區，戲劇性的是一名蘇聯特務跳傘前往機艙里丟了一枚手榴彈，幸好炮手反應迅速，將手榴彈丟出飛機。所以當下次這個機組不得不空投蘇聯特務時，他們就將俄國人罐醉后在無意識中投下飛機。1945 年 2 月 9 日，原 USAAF B-17“Down And GO!”號載著 10 個法國特務在法國西班牙邊境地區起飛后后就在跑道上空 100 米處爆炸，所有乘員遇難。KG200 最后一架 B-17 的損失是在 1945 年 3 月 2 日，飛機于中午 11:08 分從斯圖加特機場起飛，載有 8 名機組、9 名特務和 3 名通敵分子及裝備。當空投完成返回時遭到英國蚊式夜間戰斗機的攻擊，部分機組跳傘逃生。

到戰爭結束時，德國空軍的 B-17 大多轉移到希爾德斯海姆（Hildesheim）、瓦克斯勒本（Wackersleben）和夫斯滕佛斯布魯克（Furstenfelsbruck）機場操作，并于 1945 年 5 月 2 日執行了最后一次任務，此后所有幸存的飛機都被德國人銷毀或被蘇聯繳獲。

有報告顯示至少有一架俘獲的 B-17 被德國空軍用作誘餌。它會在 USAAF B-17 編隊返航時接近，假裝是一架受傷的掉隊飛機，希望能引誘一架 B-17 脫離編隊為其提供掩護。一旦上當的 B-17 接近，誘餌機就會使用自己的機槍向它射擊并呼叫德國戰斗機前來解決。在受夠了這種捉弄之后，USAAF 轟炸機編隊看到無法識別的掉隊機接近后，就立即予以射擊。

在太平洋戰場，大多數 B-17 在戰爭開頭幾天就被摧毀于地面。但是由于日軍推進速度太快，經常能完整俘獲盟軍來不及飛走的軍用飛機。日軍主要收集那些損傷很小，稍微修復后就能飛行的盟軍飛機，至少獲得 3 架飛行堡壘——兩架 B-17D 和一架早期型 B-17E，這些飛機飛回日本作為俘獲飛機進行公開展示，之后日本人對 B-17 的性能作了仔細的測試，并用于發展對抗轟炸機編隊的戰術。

日軍俘獲的 B-17D 與 B-17E