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蒙醫藥學基礎理論主要研究人體生理、病理、疾病的診斷和治療原則以及治療方法，蒙藥理論配伍原理等指導臨床各科具有蒙醫特色的一門學科。
醫學理論來源于臨床實踐，又反過來指導臨床實踐，并在實踐中不斷得到充實和發展。蒙醫藥學之所以在千百年來能夠為蒙古族的民族繁衍昌盛和防病治病服務，因為它不僅僅是醫療經驗的積累，而且具有從實踐中升華出來的一整套學術理論。在漫長的歷史發展過程中，接受古代樸素的唯物注意和辨證思想，陰陽、五元學說的影響，吸收了藏醫及印度醫學的部分基礎理論和漢醫學知識，并不斷的得到充實和提高，逐步形成了獨特的民族醫學理論體系。
傳統蒙醫療法很早有以寒熱來解釋疾病本質的理論萌生。如古代北方民族灸（即蒙古灸），就是以熱制寒的原理治療寒癥的療法，又如傳統的冷罨法和酸馬奶療法，也是以冷制熱的原理治療熱癥的療法。由此把疾病的本質歸納為寒和熱兩大類。這是建立在人體生命活動，是在寒熱平衡狀態下進行的基本觀點之上的，這就是蒙醫學對人體生理及病理的寒熱理論的起源。蒙醫學在臨床實踐中，雖然應用陰陽、五行學說和印度的占星五元學說，但更主要的是以三體液（三根）七素理論為指導，同時強調整體觀念，以此解釋人體是一個復雜的矛盾統一體，人體內部各臟腑之間，臟腑與體表感覺器官之間通過黑脈與白脈的運行傳導作用，互相聯系，構成整體。
14世紀，印度《全光明最勝王經》被譯成蒙文，其中之古代印度醫學《圣心八部醫法秘書》的“vayu體風素”，“pitta膽汁素”，“kapha粘液素”生理病理學說首次傳播于蒙古地區，給蒙醫理論的萌生以很大的影響，16世紀末葉，藏醫學巨著《四部醫典》及印度的《壽命吠陀（Ayur-veda八支心要集）》等經典著作以及占星五元學說傳入蒙古，為古考的蒙醫學基礎理論的系統化創造了條件，這樣，蒙醫學吸收了藏醫學及印度醫學的以陰陽五元學說為基礎的赫依、希拉、巴達干的三體液（三根）理論和七素理論及臨床治以及漢醫知識，結合本地區的特點和民間療法，創造性地加以改造和發展。17世紀，蒙醫學家們編寫了許多醫書，如依稀班覺在他編著的《甘露四部》里，專章論述了“寒癥治療”，“寒熱搏癥的治療”和“寒熱互相轉化”等，闡明了寒熱癥的病理理論。并提出了“所有疾病可歸納為赫依病、希拉病、巴達干病、血病、黃水病、蟲病等六種基本病癥（簡稱六基癥）”奠定了六基癥理論，也就是六因辨證學說。18世紀，蒙醫學已形成了以寒熱理論為指導的獨立理論體系。
蒙醫學突出的特點是以陰陽五元學說哲學思想為指導的整體觀和對六基癥的辨證施治。六基癥理論則把引起疾病的主要原因歸納為赫依、希拉、巴達干、血、黃水、蟲等六種。把疾病的本質歸為寒熱兩種，把發病部位歸納為臟腑、黑脈、白脈、體腔、肢體、五官（皮膚）等。 生理包括胚胎形成，三體液（三根），七素、臟腑、白脈、黑脈、五官（皮膚）系統等內容，認為人體的生命現象是一個綜合性的復雜的動態過程，內而消化循環，外而視聽言行，都不是孤立進行的。在三體液（三根）七素的作用下，人體臟腑之間，臟腑與體表之間的生命活動彼此協調，相互制約，維持人體內外環境的相對平衡。某一部分發生病變，就會影響到其他部分以至整體，引起平衡失調，功能障礙，出現一系列癥狀。因此，在治療疾病時，對病人不僅頭痛醫頭，而應從整體出發考慮，人和自然界也是對立統一的，人體通過感受器和外界自然環境保持著密切聯系，自然環境的變化，必然對人體產生影響。在正常情況下，通過人體內部三體液的調節，使與自然環境的變化相適應，保持正常的生理功能。
病理則包括病因、疾病的外緣、發病、六基癥和寒熱癥等內容，認為三體液之任何一方出現偏盛、偏衰或三體液與七素之間的平衡失調，相互為害，或由于某種外緣，人體內外環境的相對平衡狀態受破壞，則導致發生疾病。根據這一原理去觀察疾病的發生和發展趨勢以及各種致病因素的性質、特點和所致病癥的臨床表現，疾病的過程是正（三體液七素）與邪（疾病的外緣）的相互斗爭的過程。所以“扶正”與“祛邪”是使人體戰勝疾病，恢復健康的重要措施。診斷是收集疾病情資料，診察疾病的手段，包括望、問、切三診。通過三診所獲得的病情資料是辨證論治的依據。對現癥和既往病史等資料加以綜合分析。去粗取精，去偽存真，使能全面認識疾病的本質，對疾病的原因、本質、部位作出正確的診斷。此外，對疾病診斷過程中還必須遵循十項注意事項。對一時難以確診的特殊疾病要用試診的方法進行確診（參見相關內容）。治療原則，即治病首先強調“治本病”的原則，要注意“求本”，“扶正祛邪”“強調三體液”以及“因人、因時、因地制宜”等幾個方面。具體包括主病與三時（有關三體液的生物鐘變化）相結合施治；將病的性質歸納為寒熱兩型施治；藥物、飲食起居、外治、護理要準確地針對疾病的性質。治療方法則在治療原則指導下確定的治療措施。
陰陽學說：陰陽是我國古代用以解釋自然界一切事物相互對立而又統一的樸素的唯物論和自發的辨證法思想。據蒙古古代史以及許多文學藝術作品中記載，古代蒙古人稱蒼穹為“父天”，稱大地為“母地”。這是在蒙古民族中形成陰陽概念的根源。蒙醫學理論就是在對自然界有了這種認識的基礎上發展起來的。可見蒙醫藥學歷史沿革中陰陽學說成為蒙醫學理論體系的重要組成部分。陰陽學說認為，世界是物質性的整體，世界本身是陰陽二氣對立統一的結果，所以宇宙間的任何物質都包含著陰陽相互對立的兩個方面，如白晝和黑夜、晴天與陰天、熱與冷、動與靜等?；鹋c水為例，火為陽，因為火性熱而上炎故屬陽，水性寒而下走故屬陰。再以蒙醫理論三體液（三根）、七素為例，三體液為陽，七素為陰。由此可見，宇宙間的任何事物都可以概括為陰和陽兩類，任何一種事物的內部又可分為陰陽兩個方面，以至無窮。以上，陰陽的相互對立，依存，消長、轉化等方面的關系，是陰陽學說的基本內容。這些內容不是孤立的。而是相互聯系，互相影響、互為因果的。蒙醫學運用陰陽變化的相互關系來說明人體的組織結構、生理功能、病理變化和探求藥物性能，并廣泛用于疾病的診斷和治療以及確定治療原則等方面。
五元學說：早在兩千五百年前，古代印度樸素唯物論者認為世界并不是上帝創造，而是由某種原生物質資生、演變、發展的結果。他認為原生物質是土、水、火、氣等四種。后來在以上“四大要素”之上加了物質存在、增長和運動之間的空間，即“空”便形成了五元學說，亦稱天文或占星“五元學說”。天文“五元學說”很早被應用于古代印度醫學。據文獻記載，十四世紀初經西藏傳播到蒙古地區。在蒙醫學理論中，對構成人體之“三體液”、“七素”和生理、病理、診斷、治療原則、四施（藥物、外治、飲食、起居）等的解釋，均以“五元學說”為理論指導。因此，五元學說成為蒙醫學理論體系的綱要。
用天文“五元學說”認識和解釋世界一切事物及其資生、演變、發展、終結時有以五種物質之特性、性能為依據的特點。把事物按照不同的性質、作用與形態分別歸屬于土、水、火、氣、空。如土元素之性質為硬、強、重、以氣味為主，具備味、色、感、聲等五種性能，為一切物質的本基，對物質有重、穩之功能；水元素性質為濕、潤，以味為主，具備感、聲四種性能，對物質有滋養、濕潤的功能；火元素性質為熱，以色為主，具備感、聲三種性能，對物質有成熟、溶解、燒灼的功能；氣元素性質輕、動、以感為主，具有感、聲兩種性能，對物質有輕、動、發的功能；空元素性質是空虛，只有聲一種性能，為物質之存在、增長、運動的空間，具有間隔的功能。
醫學認為人體是一個統一的有機整體，其各個部分之間都有密切聯系，這種相互聯系和構成，均和五大元素內在規律相關。將其部分內容列表如下： 蒙醫藥學中運用五元歸類理論的部分內容說明表 五元 三體液 五臟 六腑 人體組織 五官 五位 五覺 陰陽、五行學說在蒙醫學生理、病理、方藥及臨床治療等各方面，均成其所遵循的基本的理論基礎。 五行學說：古人在生活實踐中，通過對自然界的長期現實與體驗，把世界上的一切事物，概括為日常生活中最熟悉而不可取少的五種物質?D?D木、火、土、金、水，即“五行”。并以五者之間的相互資生，相互制約的內在關系和規律來闡述物質世界的構成和事物的變化，這就是五行學說。五行學說傳播至蒙古地區雖然為時已久，但從16世紀只在蒙醫學脈診上開始應用，因為它與蒙醫學之“赫依”“希拉”“巴達干”三體液理論還不能完全結合。 蒙醫藥學運用五行歸類的部分內容簡表 蒙醫學把五行在脈診中的應用：四季、五行、臟腑與脈象的相互關系，春夏秋冬及四個土旺期共為五時。即春屬木，命脈為肝；夏屬火，命脈為心；秋屬金，命脈為肺；冬屬水，命脈為腎；每季末的十八天，計七十二天則為脾土脈旺盛運行之時。從而，以五行的生克乘侮的變化規律，具體地解釋人體生理和病理的現象，并指導臨床診斷與治療。 三體液學說：這是蒙醫學生理和病理主要學說，據有一定的理論價值和科學研究的價值。人體賴以進行生命活動的三種能量和基本物質赫依、希拉、巴達干成為三體液（三根）。蒙醫學古籍中記載：“人胚在演化過程中隨其形態的變化，初成脈由其臍部分出三岔，一根上行形成腦。巴達干依屬于腦，存在于身體的上部。另一根伸向中路，形成命脈，希拉依屬于命脈與血，故存在于身體的中部。另一支則伸向下延伸，形成密處。赫依依屬于密處，存在于身體的下部。”根據三支脈的不同走向及所在部位，把人體分成上中下三個部分，即心臟以上為巴達干部位，心至臍部為希拉部位，臍部以下為赫依部位。本學說認為人體的生命現象，都是三體液（三根）調節、平衡作用的結果。因此，三體液是生命賴以生存不可缺少的生命基本物質。 在正常情況下，三體液（三根）之間互相依存、互相制約，處于相對平衡狀態，故人體功能得以正常運轉。這是正常三體液的生理作用。如果三者之任何一方出現偏盛偏衰，致便平衡失調時，勢必引起反常變化，導致疾病的發生。因此，三體液的功能不僅表現在正常的生理活動中，同樣也表現在異常的病理變化中。總其大要，一方面三體液是維持人體生命的主要生理活性物質，另一方面，又是導致人體罹病的內在因素，故稱“三弊”。三體液（三根）各有不同之特性，這些不同特性在生理病理方面也反映不同的特點。三體液（三根）各有五種類型，各寓于人體內相應的臟腑及器官，各盡其不同之職能，并相互為用，共同維持生命活動。 綜上所述，三體液（三根）是人體主要矛盾的主要方面。所謂人體無病健康存在，即是指三體液處于相對平衡而言。即當它們的部位容量沒有發生變化時，則表現為無病。在三體液中希拉與巴達干則形成對立的兩個方面，沒有希拉也就無所謂巴達干，沒有巴達干也無所謂希拉，二者之任何一方，各以對立著的方面為自己存在的前提。赫依則是希拉、巴達干二體液運動的保證，對任何一方的盛衰均起到使其保持平衡的作用，故稱赫依為調節之根。希拉屬陽屬火，是溫熱疾病的主要原因；而巴達干則屬陰屬水土，是寒性疾病的主要原因；赫依屬陰陽之間屬于氣，與希拉相合則促熱，與巴達干相合則促寒，寒熱疾病均由赫依唆使。因此，平息巴達干性疾病時，宜用火元性熱性藥物，飲食及術療施治；平息赫依性疾病時，宜用土元性重膩性能之藥物，飲食及術療施治；如上所述，赫依具有六種特性，希拉與巴達干各具有七種特性，故在理論上慣稱為三體液（三根）的二十種特性。所謂三體液之間處于相對平衡或失調，即指其二十種特性的相對平衡或失調而言。在病理方面三體液（三根）各自顯示其不同之癥候。又各具五種類型及其功能，故在理論上慣稱為三體液（三根）的十五種類型及其功能，這些不同之功能在生理情況下保持相互緊密相連、密切配合和協調的關系。共同負擔人體的正常生理功能活動。但在各種致病因素的影響下，三體液（三根）出現偏盛偏衰，太過不及等反常狀態而失去相對平衡狀態時，人就產生疾病。因此，治療一切疾病的過程實質上就是調整三體液（三根）使之趨于平衡的過程。 七素三穢學說：構成人體和維持生命活動之七種基本物質食物精華、血、肉、脂、骨、骨髓、精液統稱為七要素，簡稱七素；三種主要排泄物糞、尿、汗稱為穢。七素為人體三體液（三根）賴以生存之物質基礎。由食物精華再分解產生的精華和在新陳代謝過程中由血、肉等六要素中分解產生的精華，稱為滋養七精華。在人體生命活動中，滋養七精華反轉來滋養著七素。以保身體發育成長。 三穢：大便能使內臟吸收食物的養分，并排出污物、殘渣等；尿能使存在于內臟的糟粕排出；汗液能使皮膚柔潤，還起固表的作用等。 蒙藥、方劑學基礎理論：蒙藥方劑學的理論來源同樣于上述的基礎理論。都是以陰陽、五行、五元學說為理論基礎。主要理論為“藥味、藥力、藥性、藥能”等，方劑學理論為“藥味作用配伍法，消化后的三化味作用配伍法，藥物的功能配伍法”，以及傳統的“平息劑型”和“傳統的清消劑型”等理論，正是歷代醫學家根據陰陽、五元學說的理論體現所總結出來的用藥規律。這是研究蒙藥及方劑學的重要部分，也是研究蒙醫基礎理論的切入點。 常用專業術語注釋： 1、赫依：相當于中醫的“氣”、“風”，但其作用和含義廣泛。從生理上講，它的功能主呼吸、肢體活動的動力。從病理上講，由于內外因素的影響，使“赫依”的平衡失調，而產生各種疾病。因發病部位不同，分為頭赫依，心赫依、肺赫依、胃赫依、小腸赫依、大腸赫依、腎赫依、骨赫依等疾病；與其它疾病并發，形成赫依協日、巴達干赫依、赫依血等多種病癥。 2、協日：相當于中醫的“火”，但其作用和含義更廣泛。它在生理方面的主要功能是產生熱，調節體溫，消化食物。在病理方面，因協日失調，產生癥狀為發燒、皮膚、鞏膜、顏面及小便發黃，口渴，嘔吐，下瀉，腹部脹滿、喜涼惡熱等多種癥狀。 3、巴達干：相當于中醫的“水”、“土”，但其作用和含義更廣泛。它的生理功能為輔助消化、滋生和調節體液等。巴達干失調，病理方面可引起脾、胃、腸等消化系統疾病和體液失調，若與赫依、協日、血不伍，則形成多種復雜疾病。 4、心赫依癥：指主心臟活動的“赫依”失調，出現心慌氣短，神志模糊，心悸煩燥，背痛，失眠。 5、白脈病：蒙醫解剖學中把人體的脈絡分為白脈和黑脈。白脈指神經系統，包括大腦、小腦、延腦、脊髓及神經干支。白脈病是指神經的障礙或病理損害，癥狀一般為口眼歪斜，四肢麻木不仁、偏廢不用，拘攣僵直，癱瘓，偏癱，意識不清，頭部震顫，失語蹇言等各種體征。 6、黑脈?。汉诿}病是因血、協日異常增多，功能紊亂，侵入脈道導致所患部位血管增粗、腫脹、扭曲，甚至以出血為主要表現的一種病癥。 7、黃水?。好舍t認為黃水是血的糟粕進入膽囊分解為膽汁，膽汗的精華便為黃水，主要存在于肌膚及關節中。由于內外因素的影響，黃水偏盛或者偏衰則產生黃水病。出現浮腫、水腫、濕疹、關節腫脹、臟腑積水和膿瘍等各種體征?！霸稂S水”為蒙藥的一種功能，相似于排除“黃水”之意。 8、寶日病：寶日病又稱寶日巴達干癥。是赫依、協日、巴達干、血與黃水相凝結而引起的綜合癥。分熱性、寒性兩種。跌打損傷所致的血赫瘀肝臟或者過食熱性、酸性食物引起肝血增盛，肝血不能生化為正精，逆行入胃、小腸，形成敗血，引起熱性寶日病。過食不易消化食物，胃液增多導致擔負產生熱和消化功能的“赫依協日”之機能衰敗，引起寒性寶日病。寶日病的癥狀為嘈雜泛酸、胸腹灼痛、消化不良，中期嘔吐膽汁，后期吐煙汁色粘液和血，大便燥結，肌肉消瘦，出現肝、脾、胃、腸痞瘤，印象為胃腸潰瘍等癥?；加袑毴詹。沙陨⒗笔?、醋、醬油、泡菜及不易消化的食物。 9、班木病：風驅趕壞血注于肌膚，筋腱及骨關節而發病。病初上半身疼痛，胸悶、心跳、頭痛、目赤鼻衄、齒齦紅腫發青出血、嘴唇變為棕褐色等。病勢嚴重時，足部疼痛腫大。然后，膝蓋、?N窩、大腿、小腿、等部位腫脹疼痛，出現黑斑，屈伸困難等各種體征。 10、亞瑪?。合嗨朴诒歉]炎。 11、黑亞瑪?。合嗨朴诒前?。 12、隱熱： 體外都是呈現寒病癥狀，熱病潛伏在體內。 13、陳舊熱 蒙醫認為陳舊熱有合并“赫依”陳舊熱和單一性陳舊熱兩種，合并“赫依”陳舊熱是未成型的“赫依”的成份大，對它施治過早，病上加虛熱，一病平息一病又起，蓄熱未息，日久成疾，單一性陳舊熱是處方劑量小，疾病未治愈，積熱過久，形成陳舊熱。 14、騷熱 騷熱有尿色紅、黃，氣、味大；痰色紅、黃，氣短，口渴；全身發軟、無力；汗臭；消化不良等多種癥狀。 15、蟲病 指各種寄生蟲病。 16、“赫依”血相搏相似于中醫的氣血不調。 17、痞瘤癥 痞瘤癥也稱痞塊。是巴達士、赫依、協日、黃水等功能紊亂、平衡失調，聚集在身體某一部分形成痞塊的一種疾癥。相似于現代醫學中的腫瘤。 18、血癥 血癥是由于人體內的血異常增多或減少導致的出血貧血或以紅、腫、熱、痛為其主要表現，并可累及多臟器、多系統、多器官的一組疾病。相似于現代醫學中的血液病。 19、粘癥 粘癥系粘蟲侵入人體所引起，以病勢劇烈，突然騷擾機體正精為特征之疾病的總稱。粘為肉眼看不見的致病蟲類，鉆入人體后，不僅可以單獨致病，并可與其它疾病，如血癥、寒癥、黃水癥等合并為患。 20、癲狂癥 是以思維能力失調，意識狂亂為特征的一種疾病。臨床上可分為赫依性癲狂癥、協日性癲狂癥、巴達干性癲狂病、聚合性癲狂癥四型。癲狂癥相似于精神病。 21、婦血病 系因月經而產生的，以顯示血、協日偏盛征象為特征的婦女病之總稱。主要由于在月經期，尤其在產后，飲食不節，起居不當，，或亂用藥物外治等，致使三根失調，影響月經，引起生殖器各種疾病。 22、婦赫依癥 到婦血病后期，與赫依性疾病合并形成的一種婦科病。由于赫依亢盛而紊亂，催動病邪擴散于全身，引起頭部、骨胳、心臟、腎臟、胃及小腸等臟腑、器官的赫依癥。 23、腮腫 系以耳下腮部腫脹疼痛為特征的兒科常見一種傳染病，即流行性腮腺炎。 24、查嗄癥 發生于角膜的一種黨見病?，F代醫學所講的各種角膜炎屬該病范疇。 25、耳鳴 發病與赫依功能失調、腎寒等有關。主要癥狀是耳鳴，只有波濤聲與鼓鳴聲等外所不到其它聲音。、 26、唇瘡 系中唇發紅、糜爛成瘡、流黃水或出血的一種唇疾。 |
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