第一生命大樓是完好無損的，這一帶正好是日本的政治中心，天皇所居住的皇宮，國會議事堂都在這兒，所以就都沒有受到轟炸，把這一帶炸了找誰去談判？美國人也從來就沒有準備過自己親自出馬統治日本，所以不能征用宮城或者國會議事堂。而第一生命大樓因為正好落在了這一帶而逃過了戰禍，對于麥克阿瑟來說這就是最合適的辦公地點了。
這幢9層的大樓也結實，據說能直接抗250公斤的炸彈。1938年第一生命花了182萬日元以每坪（33平方米）1080日元的價格買下了這片1682坪面積的土地，又花了1400萬日元建起了這幢在當時是全日本最豪華的房子。
這些價錢到底是什么含義？這么說吧，當時的一日元相當于現在的一萬日元，只多不少，可以很簡單地把戰前的一日元算成現在的100美元來體會這個造價。
吃完了中飯，大麥克阿瑟把眾人一起帶著去看了一下房子，在大家都說了好之后，一行人又回橫濱去了，第二天的9月9日正式向第一生命發出了征收通知，通知上說明除了所有的文件可以搬走之外，全部的家具都必須留在原地，9月5日向占領軍交出大樓作為GHQ（General Headquarters，駐日盟軍總司令部）的辦公樓。
定下衙門的位置以后，麥克阿瑟就開始把全部的精力放到他的本職工作上了，麥克阿瑟現在的本職工作是“盟軍最高司令官”（Supreme Commander for the Allied Powers，SCAP)，實際上這個名稱并不貼切，麥克阿瑟實際上真能指揮的就只有美軍，不如直接稱“proconsul”（殖民總督）來得直觀。
擺在這位總督面前的問題首先是如何解除日本的武裝，軍事上和思想上的武裝。
根據GQH情報部部長維羅比少將的統計，在1945年8月15日，日本還有陸軍154個師團和136個獨立旅團，海軍20個部隊，合計6983000人，分布在從南半球的新幾內亞島，經所羅門群島一直到中國大陸以及朝鮮半島這么一個廣大的環東南太平洋的弧形地區，其中日本本土就還有57個師團、14個旅團、45個聯隊，總兵力達2576085人。
本來是管打仗的陸軍省和海軍省現在的任務就是管這些軍人的復員，從1945年12月1日開始，陸軍省和海軍省就干脆改名為“第一復員省”和“第二復原省”，到了1946年6月1日，連“復員省”的資格都被剝奪了，變成了“復員廳”的兩個“復員局”，最后到了1947年10月份左右干脆全部被厚生省吞并了。
而那些要復員的士兵的指揮官們則是戰犯，第一個就是東條英機。
當時有關東條下落的謠言滿天飛，有說逃去了滿洲的，有說回了九州老家的，有說已經自殺了的，其實東條哪兒都沒去，老老實實在家等著美國憲兵呢。
東條英機當然知道《波茨坦公告》里面所說的“戰爭罪犯”首先就是他，他是主持開戰的內閣總理大臣，沒指望過天照大神能保佑他們漏網。可是怎么辦呢？像陸軍大臣阿南惟幾、東部軍管區司令官田中靜一等幾位陸軍大將那樣自殺以謝罪？不管是謝天皇還是謝百姓，沒有那個勇氣。不自殺嘛，又說不過去，那個“絕不活著做俘虜而受辱”的《戰陣訓》就是自己制定的，讓別人都自殺，就自己活著？怎么說也是陸軍大將，這點自尊也還是有的，就是說還得自殺。但是活得好好的，自殺可太痛苦了，又不想自殺了。
就這么翻來覆去，死啊活啊的拿不定主意。最后去和陸軍大臣下村定大將商量。下村定當然反對，理由是現在是國家投降，不是你東條某人自個兒投降，談不上什么恥辱。再者說了，你不出頭萬一這責任跑天皇那兒去了這可怎么是好？東條這下茅塞頓開，可算有了主見，點頭哈腰地就離開了陸軍省。
1945年9月11日早上11點，索普準將正式向克勞斯中校下達了逮捕東條英機大將的命令，克勞斯中校帶了兩個班的人馬，開著吉普就要出發了。下午兩點整，麥克阿瑟正式發表了逮捕東條英機的命令，索普準將向記者們分發了麥克阿瑟的書面聲明，這一下各國記者就像炸了營似的四處亂跑。美聯社、合眾社記者因有內部消息，早就在東條家門口守株待兔了。日本記者熟門熟路，也很快就趕到了，只有其他國家的記者可憐巴巴地在大熱天的太陽下面亂竄，有根本就跑錯了方向的，流竄到濱松市去的（其實東條家在世谷田區玉川用賀町）。
三點剛過，這東條家門口的記者越來越多，東條看著這副架勢就知道美國憲兵要來，大概就是今天了，于是穿好了全副勛章綬帶的大將軍服，腰上挎著軍刀，進書房看了看他的準備：窗邊的刀架上架著兩把日本刀，桌子上放著短刀和兩把手槍：一把是他自己一直帶著防身的柯爾特22，還有一把是8月15日企圖發動政變，奪取天皇的“玉音放松”錄音盤，失敗自殺了的女婿古賀秀正少佐留下來的柯爾特32。
4點02分，克勞斯中校到了。下面就是克勞斯遞交的報告：
關于逮捕東條將軍的報告，合眾國陸軍中校波爾·科羅斯。
——到達東條宅時，將軍正隔著窗子和新聞記者說話。我將部下配置于門口以后即請將軍開門。
——將軍問我有無逮捕令。我說沒有逮捕令，但隨身攜帶了正式拘留命令。將軍要求給予確認，我說先開門，進門之后再出示（合眾國際社法蘭克記者的報道中說科羅斯中校的原話是：“快開門，跟我去麥克阿瑟司令部。”）。
——東條將軍身穿白襯衫，聽完點了點頭就關上了窗戶，周圍很寂靜，所以能夠聽見插上插銷的聲音，但聽不見向門口走來的腳步聲。
——下午4點19分，突然響起了一聲槍聲。站在我旁邊的新聞記者對我說“您的獵物自殺了。”我立即采取強硬措施進入宅內（和英國《每日郵報》記者斯坦福一起去的日本《朝日新聞》記者長谷川信雄則說：“一腳就踹開了門，同時掏出手槍朝天鳴槍示警。”）。
——東條將軍的書房門也上了鎖，我還是采用強制手段進去的。東條將軍坐在椅子上，看起來是被射中了左胸，大量的出血把白襯衫都染紅了。看到我以后，將軍還想舉起右手握著的槍，在我大喊“不許動”以后，手槍掉到地下。
——我的任務是活捉東條將軍，所以我立即讓東條將軍的警衛找來醫生，但看起來喊來的日本人醫生是想讓將軍像武士那樣死去，除了洗滌傷口之外沒有進行任何搶救措施。
——我把東條將軍移到書房，下午6點25分我軍軍醫趕到，診斷后說彈頭擦過心臟貫穿左肺，沒有生命危險。
——下午6點48分，在注射嗎啡后搶救完成，下午7點將東條將軍送到橫濱的第98陸軍野戰醫院。
