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    在計算生物學領域攻城拔寨

     知識池塘 2014-08-28

    2012年,當他榮獲中國科學院青年科學家獎時,卻根本沒有時間去關注這件涉及自己“名譽”的事。“我還要忙科研的事”,因為有著夢想與堅持,他收獲了比別人更多的成果。他就是年僅35歲的中科院馬普青年科學家小組組長徐書華。

    本報記者 黃辛 通訊員 程秀 10年來,中國科學院馬普青年科學家小組組長徐書華扎根國內從事群體遺傳學的研究,系統研究了混合人群的連鎖不平衡和遺傳結構,構建了首張歐亞混合人群的基因定位圖譜;首次從遺傳學角度利用遺傳混合分析方法估計了東南亞人群的擴張時間;從基因組水平揭示了亞洲人群精細遺傳結構和基因組混合模式,乃是迄今最系統全面的研究。

    性格決定命運,必然寓于偶然

    徐書華一再向《中國科學報》記者表示:“自己做得不算成功,只是在每天快速流逝的時間中,做自己應該做的事情而已。”對于自己的成長經歷,徐書華總結為“平淡無奇”四個字。

    在被問及最初是怎么選擇走上科研這條道路的時候,徐書華認真思考后卻有點無奈地說,其實自己也不知道從什么時候開始,科研已經成為了他的既定軌跡。“小時候我也沒有想過要做科研,在某種程度上,我走上科研的道路是很偶然的,最后回頭看時卻是一種必然。”

    自高考誤打誤撞選擇生物專業開始,徐書華就與科研結下了不解之緣。而真正激發他科研熱情卻是在7年后去復旦大學攻讀博士學位的時候。

    “那是很寧靜、很有幸福感的一段時光。雖然別人未必會看好自己所做的東西,但是自身卻能全身心投入,做得津津有味。而且沒有什么功利之心,也沒有想過是否有立竿見影的效果,甚至自己畢業之后會去哪里以及做什么工作似乎也沒有那么重要。現在想來,那種心態真的對科研工作很有益處。”

    堅持遺傳研究不動搖

    徐書華的科學研究生涯起點恰逢基因組時代的到來。2003年開始博士生生涯的徐書華在接觸到大量數據之后,意識到必須通過計算機編程才能實現對海量數據的分析工作。他用了一個月的時間,學會了C語言,并馬上著手寫代碼,分析數據,從此走上了programming(編程)的道路。

    提起初學計算生物學的經歷,徐書華感觸頗深,說自己變得很自由,在有了自己的隨身裝備之后,只要能查文獻、拿到數據,仿佛任何事情的發展都隨著自己感興趣的方向了,一時間,躊躇滿志,似乎什么事情都可以做。

    而他的博士生導師、復旦大學金力教授非常鼓勵自己的學生開拓感興趣的課題,并給予學生足夠的空間去發揮。從那個時候起,徐書華開始做自己最感興趣的方向:人群遷移過程中由于基因交流形成的混合人群及其特殊遺傳結構特點。

    2006年從復旦大學畢業后,徐書華進入剛成立不久的中科院上海生命科學院計算生物學研究所(中科院—馬普學會計算生物學伙伴研究所)工作。

    馬普研究所成立了一個對出國經歷沒有硬性要求的青年科學家小組,人盡其才,營造出“不拘一格降人才”的良好氛圍。徐書華的工作得到了德國馬普學會的認可,2011年競聘成功后,成為馬普和中科院共同支持的青年科學家小組組長。

    在徐書華的辦公室里,一張一半貼滿了便利貼、一半寫滿了數學公式和流程圖的白板最引人注目,而這只是冰山一角,據了解,他的電腦里面百分之八十的想法都還沒有實現。

    計算與實驗并行

    將“干性”研究和“濕性”研究結合起來,是計算生物學所建所理念之一。但目前計算所還是以做“干性”的計算為主,只有為數不多的幾個課題組具有“濕性”實驗室,并且實驗系統也不是很健全。怎樣將二者有機結合起來呢?這是眾所關注的一個問題。

    在研究生階段也從事過實驗操作的徐書華認為,生物學實驗是永恒的,一切“干性”研究的發現和預測最后還是需要“濕性”實驗來確證。計算在絕大多數時候,都是作為技術支撐而存在的。但不管是實驗還是計算,在科學研究中都扮演著自己特定的、不可替換的角色。更重要的是,計算和實驗的有機結合是一個具有很強需求性的過程,在解決不同問題的時候,需要也不同。在課題的起始階段,需要數據的搜索、整合。

    徐書華的實驗室還是以計算為主,他通常會以合作的形式,以彼之長補己之短,既避免了資源的浪費,也保證了研究工作的順利開展。對于需要參與“干濕”合作課題的學生,徐書華也會盡量提供機會使其接觸一些實驗方面的知識與技能,便于合作雙方的溝通,將實驗與計算的結合優勢發揮到最好。

    授人以漁是最大驕傲

    作為一個近20位成員的研究組負責人,徐書華現在非常繁忙,常常晚上回家安頓好孩子后又折回辦公室工作到凌晨。即便如此,他還是堅持工作在第一線,自己寫程序,跟進前沿技術,保持科研的敏感度,另一方面也可以很快知道學生的工作進展,有問題也能及時提出。

    徐書華自嘲說,每當有新學生進來自己都會緊張一陣,對他而言,培養好一個學生責任太重大,極具挑戰性。“對于不同的學生,也需要量體裁衣,學生的發展和課題的成敗都與此有關,所以老師最希望的還是能夠培養出優秀的學生。”

    上海生科院的研究所都有新生輪轉(rotation)選擇導師的機制。在新生rotation的時候,徐書華首先會讓他一一接觸正在做的課題,看自己最感興趣的是什么,然后對其感興趣的方向進行課題設計。

    學生剛開始寫科研論文,寫出來的論文常常讓自己的導師無從下筆改起,有些導師會迅速自己重寫一份投稿。而徐書華卻非常認真地對待自己學生寫的每一份論文,包括筆者所發送過去確認的稿件,都會進行細致的審查和修改,密密麻麻的批注讓學生看到自己應該在什么地方有所改進。 徐書華希望學生們能夠樂觀積極地面對科研、人生中的各種問題,在人生的經歷中磨煉自己的意志。并且在不知道未來會發生什么的情況下,作好各種準備,厚積而薄發。

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