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藏象以五臟為中心，包括五臟、六腑、奇恒之府等。本篇主要從藏瀉功能特點上論臟腑，從分析問題的方法上，有別于其他討論藏象的文章。故篇名為“五臟別論”。
●黃帝問曰：余聞方士，或以腦髓為臟，或以腸胃為臟，或以為腑。敢問更相反，皆自謂是，不知其道，愿聞其說。
黃帝問道：我聽說一些懂醫的人，有的把腦和髓稱為臟，有的把腸、胃稱為臟；有的把腸胃稱為腑。如果有人們向他們指出，各個醫學流派互相矛盾，他們都堅持說自己是正確的，我對別的一些流派理論不是很了解，愿意聽聽您的看法。
這說明《內經》是當時的一個醫學流派。
●岐伯對曰：腦、髓、骨、脈、膽、女子胞，此六者，地氣之所生也。皆臟于陰而象于地，故藏而不瀉，名曰奇恒之府。
岐伯回答道：腦、髓、骨、脈、膽、子宮這六個器官是秉承地氣而形成的，它們都是陰臟、它們都象大地那樣，靜靜的承載萬物而不具有排泄功能，所以稱為奇恒之腑。
●夫胃、大腸、小腸、三焦、膀胱，此五者天氣之所生也，其氣象天，故瀉而不藏。此受五臟濁氣，名曰傳化之府，此不能久留，輸瀉者也。
胃、大腸、小腸、三焦、膀胱這五個器官都是秉承天氣而形成的，它們的功能有的象天空，不能儲藏東西而只能傳導東西，此實彼則虛。它們接受五臟傳導過來的代謝產物（稱為濁氣），它們稱為傳送器官，（就好像接力棒一樣，一級一級傳到終點——體外）這五者內的東西是不能久留的，必須一級一級盡快輸送到終點。
這是對腸胃功能的描述。
●魄門亦為五臟使，水谷不得久藏。
肛門也是排泄器官，它的功能不僅受傳化之府的控制也受五臟的控制，水谷不得長期在這些地方久留。（便秘就是水谷久留于這些地方）
●所謂五臟者，藏精氣而不瀉也，故滿而不能實。
五臟的功能主要是藏精氣，宜被精氣所充滿，同時精氣又要保持運行通暢，不能壅塞不行。滿指精氣充盈；實指精氣壅塞不行。（五臟與六腑的區別主要是：是實心物體還是空心容器，實心的物體必須充滿不可見的精氣，但精氣必需向活水一樣是不斷流動的，所以功能強??；空心的容器承載的是可見的物體，就像一列火車在一段很長的隧道中運行一樣。）
●六腑者，傳化物而不藏，故實而不能滿也。所以然者，水谷入口則胃實而腸虛，食下則腸實而胃虛。
六腑的功能是傳送化物而不能儲藏化物，（化物指有形食物以及食物被消化吸收后的糟粕，還有五臟代謝后的廢物）所以六腑可以暫時被壅塞，但不能整個消化道都充滿了化物（便秘會如何）應該處于一種“虛實交替”的狀態，為什么會這樣呢？我們吃飯后，胃中就充滿了食物，這時是胃實腸虛；胃把食物消化完后就是胃虛而腸實，因為胃把食物消化后就通過幽門排入腸道。
●故曰實而不滿，滿而不實也。
所以六腑的特點是：實而不滿，滿而不實。
●帝曰：氣口何以獨為五臟之主？
岐伯說：胃者水谷之海，六腑之大源也。五味入口，藏于胃以養五臟氣，氣口亦太陰也，是以五臟六腑之氣味，皆出于胃，變見于氣口。故五氣入鼻，藏于心肺，心肺有病，而鼻為之不利也。
黃帝問道：人身中的十二經脈都有搏動明顯的部位，觸動這些部位，可以了解五臟的生理和病理變化。但是，為什么單獨切按手太陰肺經的“氣口”，就可以診斷五臟之病，而不僅僅是診斷肺臟之病呢？
岐伯回答道：我們知道胃是承載食物的器官，它是營養物質供給五臟六腑的源泉。食物入口，都儲藏在胃中（這個胃應該指腸胃），吸收生化成營養物質，通過脾的運化，滋養五臟之氣。脾屬太陰經，主輸布津液，因肺起于中焦，故氣口不僅屬于手太陰肺經，也與足太陰脾經關系密切，因此五臟六腑的氣味都來源于胃，而反映在氣口上。所以，自然界的氣候變化通過呼吸，心肺可以感知到，因而心肺與鼻關系密切；如果心肺有病就可能使鼻的功能失調（比如呼吸不暢、嗅覺失靈等）。
●凡治病必察其下，適其脈，觀其志意，與其病也。
一般來說，在診斷和治療疾病時，必須審查全身上下；要切脈，了解它發生了哪些變化，觀察病人的精神是否充沛，神志是否清醒，以及所表現的其他癥狀。
●拘于鬼神者，不可與言至德；惡于針石者，不可與言至巧。病不許治者，病必不治，治之無功矣。
如果病人迷信鬼神，就很難使他相信醫學的高明；如果是病人厭惡針灸，也很難使他相信針灸的精妙。如果病人不接受治療，即使勉強治療也很難收到應有的療效。
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