傳統儒家思想是以孔孟思想為基礎，吸納了“天人感應”思想、佛教道教思想以及唯心主義思想等，歷經漢代董仲舒的“大一統”，兩宋時期程朱理學，宋明期間的陸王“心學”的演變，形成了一套以宗法制度為核心，三綱五常為基本內容的封建禮儀道德規范，成為中國社會兩千年的主流思想，構成中國傳統文化之根基。步入中國近代社會，傳統儒學的境遇卻發生了較大變化。隨著西學的傳入，傳統儒學的主體地位發生動搖并且逐漸淪為近代各種政治力量表達訴求的載體，有時被當作批判和指責的對象，有時受到維護和利用。
在中國近代史上首先打出反對傳統儒家思想文化旗號的當屬洪秀全，目的為號召社會民眾參加反清斗爭，實現太平起事。洪秀全創建以“拜上帝”為核心，宣傳人人平等為主要思想的“拜上帝教”，以實現鼓動更多的社會民眾參與反清斗爭的目的，但這與長期以來以“三綱五常”、宗族觀念為基本內容的傳統儒家思想文化有著根本的不同。為打破儒家文化主導下的社會思想而建立起“拜上帝”這一新的社會信仰力量，洪秀全從開始就實行了反對儒家文化的做法，如“一夜縱火焚府學及城隍廟”，“每日辰刻禮拜，號曰‘拜上'，毀各廟宇神像”等。定都天京后，為了維系太平天國賴以存在的思想紐帶，洪秀全進一步禁止儒家思想的傳播。他把孔孟書籍“盡行焚除，皆不準買賣藏讀也，否則問罪”，還將《四書》《五經》的“一切鬼話、妖怪話、妖語、邪語一概刪除凈盡，只留真話、正話”等。具有諷刺意義的是，洪秀全雖然視儒家思想為腐朽，但還是承襲了諸多封建陋習，如納妾和等級制度等，很明顯，依然沒有擺脫傳統儒家思想的束縛。與此同時，洪秀全毀壞、禁止儒家文化的行為還引發了傳統文人的強烈反對，如曾國藩就認為，太平天國“皆以兄弟稱之”，毀壞了“君臣、父子、上下、尊卑……如冠履之不可倒置”的秩序，并呼吁清大夫不要“袖手安坐”，從而激起了一個以儒學信仰為基礎并組建了軍隊與之對抗的湘淮集團勢力的形成?？梢?，洪秀全對待傳統儒家文化的不當行為成為太平天國敗落的一種必然。
在儒學受到內外沖擊下，湘淮集團不僅竭力維護儒家思想的主體地位，還試圖通過“中學為體，西學為用”的方式對其進一步鞏固，以應對外患內憂的局面，挽救清廷的危亡統治。在太平天國大肆毀壞孔孟文化時，曾國藩就曾指出，“此豈獨大清之變，乃開辟以來名教之奇變，我孔子孟子之所痛哭于九泉”，并要求，“凡讀書識字者，又焉能袖手坐觀，不思一為之所也”。于是曾國藩推行儒家“禮治”，以“日教民以孝悌仁義之經”；全力恢復太平軍占領區內的科舉考試，以至“兩江人士聞風鼓舞，流亡旋歸”等等。面對西學漸盛之勢，李鴻章等認識到，“中國欲自強，則莫如學習外國利器”，同時還認為西人之學“竭其智慧不出中國之范圍”，所以要求“以中國之倫常名教為根本，輔以諸國富強之術”，其目的就是“取西人器數之學，以衛吾堯舜禹湯文武周孔之道”。于是，他們引進西方軍事技術、創建新式學堂等，以此完善儒學的“外王”“內圣”功能。但事實相反，儒學思想正統地位隨著洋務運動對西學的引入而進一步動搖，并受到時局的嚴峻挑戰。
康、梁企圖將西學與孔孟思想相結合，說服近代頑固勢力，實現托古改制，改變中國近代被動挨打的局面。洋務運動附帶而來的西方民主觀以及甲午戰敗激起的民族意識，與傳統孔孟思想產生了強烈的碰撞，引發了19世紀末的社會思想危機。在這種狀況下，民族資產階級代表康有為、梁啟超借助孔孟旗號發出了社會改革的呼吁。康有為認為，“孟子大義云：民為貴，但以民義為主，其能養民，教民者則為主，其殘民、賊民者，則為民賊”，所以，他認為，“孟子、荀子都認為桀紂非君，湯武非弒，其道理在于：‘為民賊者，人人皆得而戮之也’”。顯然，康有為的本意主要強調，“孔子以前的歷史，是孔子為了改變當時的社會狀況，而按照自己的理想假托先王的言行寫出來的宣傳作品，目的是為了實現社會改革”。或許正是這種宣傳方式，讓維新思想一時獲得廣泛傳播，不僅吸引清廷大員紛紛參加維新派籌建的強學會、保國會以接受維新思想洗禮，也令光緒皇帝為之動容，并最終接受維新主張。然而，他們在隨后的改革中提出的“廢八股，倡西學”方案似乎又讓其政治訴求大打折扣，使官員基于傳統文化的信仰而對變法產生疑義。這似乎決定了維新變法最終的命運，卻開啟了近代思想啟蒙。
