皂苷的提取分離
皂苷部分極性較大，首先應該附集皂苷部位，通常可用正丁醇萃取或是大孔樹脂得到總皂苷部位。
對于具體皂苷的分離，若使用硅膠柱層析，一般以氯仿：甲醇：水進行洗脫
氯仿：甲醇：水一般為9：1：0.1，8：2：0.3，7：3：0.5
同時，應注意要加大柱層析硅膠的裝柱量，減少樣品的上樣量；
另外，也可使用反相柱。
此外，有些皂苷類成分極性較大容易含有一些色素，不易結晶，可使用Sephedex LH-20去除色素，進而使皂苷結晶。
類似物的HPLC分離注意的問題
HPLC時生物堿對流動相的pH值很敏感。
三萜皂苷的提取與分離
（1）提?。?/strong>
三萜皂苷常用醇類溶劑提取，若皂苷含有羥基、羧基極性基團較多，親水性強，用稀醇提取效果較好。提取物先用石油醚脫脂，然后再用正丁醇萃取，萃取物再經大孔吸附樹脂，得粗皂苷。
（2）分離：
采用分配柱色譜法要比吸附柱色譜法好，常用硅膠為支持劑，以氯仿-甲醇-水為或乙酸乙酯-乙醇-水為洗脫劑。
氨基酸的分離
將氨基酸分離成酸性氨基酸，堿性氨基酸，中性氨基酸和芳香族氨基酸。取酸水解氨基酸液適量通過陽離子交換的層析柱，堿性氨基酸就保留在層析柱上；而中性氨基酸和酸性氨基酸的混合液則進入濾液中。再將濾液通過陰離子交換的層析柱，一切酸性氨基酸就保留在層析柱上；而中性氨基酸就進入濾液中。吸附在陽離子交換層析柱上的氨基酸，用2N HAc洗脫；吸附在陰離子交換層析柱上的氨基酸，用0.5 NNaOH洗脫。
黃酮類化合物的分離
黃酮類化合物在硅膠上的吸附較多，可以采取減壓硅膠柱或者中壓硅膠柱，上樣量稍大一些（這樣可以減小吸附量），將樣品分段，然后，采用Sephadex LH－20進行細分。采用Sephadex LH－20時，最好選擇一個比較合適的水與甲醇的比例（樣品不會毫無保留），進行等度洗脫。因為水甲醇梯度洗脫很容易產生氣泡。個人認為經過硅膠和Sephadex LH－20后，黃酮和多糖應該能夠分開。
生物堿的提取：
由于各種生物堿的結構不同，性質各異，提取分離方法也不盡相同，主要是根據生物堿的溶解度而定。生物堿大都能溶于氯仿、甲醇、乙醇等有機溶劑，除季銨堿和一些分子量較低或含極性基團較多的生物堿外，一般均不溶或難溶于水，而生物堿與酸結合成鹽時則易溶于水和醇?；谶@種特性，可用不同的溶劑將生物堿從中藥中提出，常用的提取溶劑有下列3種：
（1）非極性溶劑：
樣品先用10%氫氧化銨溶液濕潤，使中草藥中與酸結合成鹽的生物堿呈游離狀態，然后用氯仿或乙醚等提取，一些與酸結合比較穩定的生物堿鹽類和鞣酸鹽或堿性較強的生物堿鹽等，氫氧化銨不能將其完全分解，可用碳酸鈉、碳酸氫鈉、氫氧化鈣或氧化鎂，甚至氫氧化鈉堿化，這個方法的缺點是不能提出水溶性生物堿。
（2）極性溶劑：
極性較大的生物堿可用中性甲醇、乙醇、酸性甲醇、乙醇、酸水（常用0.1%～1%鹽酸、硫酸、乙酸、酒石酸等）以及緩沖液等進行提取，該方法較簡便，但提出的雜質較多，需進一步凈化。
（3）混合溶劑：
用不同極性的溶劑按不同比例混合，可以較好地進行提取，如麥角用氯仿：甲醇：氫氧化銨（90:9:1），百部、粉防已用乙醚：氯仿：乙醇：10%氫氧化銨溶液（25:8:25:1）等。
水溶性生物堿還可采用與生物堿沉淀試劑如雷氏鹽（硫氰化鉻銨）、磷鎢酸等生成不溶的復鹽而從水溶液中析出。生物堿與雷氏鹽生成的沉淀可溶于丙酮，再通過陽離子交換樹脂，用氫氧化銨洗脫即得游離的生物堿，生物堿與磷鎢酸生成的沉淀可與固體碳酸鉀研磨使干燥，再用無水乙醇熱提。實際上，每種分析法的建立都要對上述三類溶劑作比較，以優選出最佳提取溶劑。
生物堿的提取方法，常用的有冷浸、滲漉、超聲波、索氏提取、熱回流提取，由于中藥分析所涉及到的大部分內容是有機化合物微量分析，故需要的樣品量很少，因此，實際上是少量樣品與大量提取溶劑，加上樣品又經粉碎過篩，常常冷浸提取液中被測組分濃度與提取液中粉碎的樣品內所含被測組分相當，即能提取完全。為了使提取更完全，也常常對上述方法進行組合如冷浸-滲漉，冷浸-超聲波，冷浸-索氏提取，冷浸-熱回流提取，因冷浸、冷浸-超聲波提取操作簡便，故使用較多，必要時，要對上述方法作比較，以優選出最佳提取方法。
分離
1. 凈化
上述方法得到的總生物堿中常含有大量雜質，在分離之前一般需凈化。凈化的方法常依據提取方法及含有的雜質而定。
水或酸水提取液的凈化
1）離子交換樹脂法
2）有機溶劑萃取法
2. 將生物堿粗分為弱堿性生物堿、中強堿性和強堿性生物堿、水溶性生物堿三部分，再根據結構中是否有酸性基團（主要指酚羥基），分為酚性和非酚性兩類。
3. 生物堿單體的分離
利用生物堿堿性的差異進行分離
即，在不同pH條件下進行分離——pH梯度法，有兩種操作：
1.方法1
2. 方法2
得到的緩沖液加堿堿化，用有機溶劑萃取，回收溶劑，即得到不同堿度的生物堿。采用pH梯度法分離前，通常先用多緩沖紙色譜法對總堿中各生物堿的堿度強弱作初步了解，據此調節pH值。
利用生物堿或生物堿鹽溶解度的差異進行分離
生物堿以及生物堿鹽在不同溶液的溶解度可能存在明顯的差異，可用于分離。
如：氧化苦參堿是苦參堿的氮氧化物，極性稍大，不溶于乙醚。而苦參堿溶于乙醚，于兩者的氯仿液中加入乙醚，氧化苦參堿即可析出。如：麻黃堿草酸鹽在水中的溶解度比偽麻黃堿草酸鹽的溶解度小，可以自水溶液中先行析出。
利用生物堿特殊功能基不同進行分離
氯仿萃取水相乳化怎么辦？
1.加入低分子溶劑，如樓上提到的乙醇，甲醇都可以。具體的量在1～2mL/100mL就有比較好的效果了。以前我做實驗時，常常以為加入其他低分子溶劑后，改變了溶液的組成，萃取出來的東東可能不一樣了，其實不然?，F在我在一家比較大型的提取車間干過，知道了其實工業上的萃取過程不可能象實驗室一樣的精確，我們用70％乙醇提取的溶液，經過減壓濃縮后，在乙醇含量還有3～5％的情況下就進入下一道工序：萃取。其實最后產品的收率還是挺高的。
2.冷凍和加熱相比，加熱快速，容易實現，在我們公司采用加熱較多，也很有效。一般我們將混合液加熱到60～70census，能夠很好分層。
3.如果你是實驗室小量操作，輕輕的顛倒7～8次就好了，沒有必要象作雞尾酒一樣用力，否則自討苦吃哦！
4.如果你的乳化層在水相和氯仿層中間，久久不散，你還可以將分液漏斗平放，小心超聲振蕩一會兒，會有較好的效果。
5.還有，你可以用事先配制的、用水飽和的氯仿代替直接使用氯仿，乳化現象會有所好轉。
