尖銳濕疣是感染 HPV病毒引起的，絕大部分患者可以清除病毒，但這個過程可長可短。一方面取決于患者本身的體質和免疫力，如果患者還有自身免疫病或糖尿病，需要治療的時間會更長；另一方面也跟感染的HPV病毒類型有關。雖然有一些類型（比如HPV-16、18）的HPV致癌性很強，但經過適當干預一般可以痊愈。
目前，治療尖銳濕疣常用的辦法有冷凍治療、激光治療、光動力治療。
冷凍治療：用液氮使疣體內的細胞結冰，細胞被“凍死”后，疣體也就壞死脫落了，可以治療位置比較淺、體積比較小的疣體。
激光治療：二氧化碳激光的高溫可以使疣體碳化，疣體立刻就消失了，適用于數量多、體積大，尤其角化比較明顯的疣體。
光動力治療：需要先涂光敏劑，再用特定波長的光照射，可以徹底殺死潛伏的病毒。光動力理論上可以治療各種各樣的尖銳濕疣，但由于光敏劑的價格比較昂貴，一支光敏劑只夠用于1cm2的區域，如果疣體比較多或面積比較大，那么光動力治療的花費會更多。還可以先用其它手段（比如激光、冷凍）祛除疣體，再使用光動力，對于一些特殊部位的疣體，可以顯著降低復發的概率。
