1.雌性生殖系統
雌性生殖系統是由卵巢、輸卵管、副腺和納精囊生個主要部分組成。
(1)卵巢它位于消化道的背面，是一根瘦長的圓筒狀的生殖器官。成體的卵巢內壁有許多白色球狀的胚細胞，進一步發育成具有豐富卵黃的卵細胞，產生胚細胞的卵巢內壁為胚表皮。由胚細胞分化到發育成為成熟的卵粒是個復雜的過程，這在后面章節里進行介紹。
(2)輸卵管它與卵巢后端相連通，并無明顯的界限。在輸卵管的尾部分成兩支，把后腸包圍起來，并在后腸的下面再合成一根。輸卵管的開口是生殖孔。
(3)納精囊藥用蜈蚣的納精囊，僅有1寸。而納精囊的副腺在地娛蛤目和蜈蚣目種類中，都是1對。但在石蜈蚣目和蛤蜒目中，則有2對，即第一副腺和第二副腺。
2.雄性生殖系統
雄性蜈蚣的生殖系統由精巢、輸精管、貯精囊、副腺和附屬物組成。在蜈蚣目中，精巢有十幾個至幾十個不等，呈紡錘形。耳盲蜈蚣有30個精巢，精巢呈橢圓形。精巢由身體前部一直排至后部，大體上排成兩行;每個精巢崖兩條細精管連通縱行在中央的單根輸精管上。單根的輸精管下端與肌肉發達的射榨管相連，而射精管的末端向體外開口。在輸精管內常有若千橢圓形的精胞，精胞內有無數精子。射精管末端有2對副腺與它相連通。
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