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做科研有三種痛不能忍，一種是腦袋空空沒思路，二是辛辛苦苦沒成果，三是別人輕輕松松發文章。今兒先和大家聊聊課題思路方面的事兒，今天主題我們選了基因研究，為啥？生信火，大數據火，這兩個都繞不開基因。 所以你的日?？赡苁沁@樣的： 1 花了老大筆錢測了序，篩了一堆讓人傻眼的基因，接下去怎么做？ 2 挖了數據分析了半天，還是一堆看不出所以然的基因，接下去呢？ 3 看文獻相中了一個感興趣的基因，那我可不可以就做這一個？ 歸納一下就兩個問題：1、怎么確定一個基因可以做；2、基因研究該怎么做。 這兩個問題也是老生常談了，但攻略干貨看起來簡單，回歸到實際問題還是得文獻數據庫來回翻。今天就來解決點實際問題： 看看如何快速判斷一個基因是否值得做，怎么做。 用到的一個懶人工具——基因雷達，非常適合文獻和數據庫不對付的親，只要輸入你感興趣的基因，基因的科研熱度，相關疾病，調控網絡和在癌癥中的表達值四個層面就全出來了。似乎從此可以脫離苦海了。  1 如何省時省力確定一個基因可以做 先看差異表達 比如說你翻翻翻文獻看到了一個還不錯的基因CCL5(PMID:17914389，乳腺癌)，也想研究下，但自己沒有數據，不知道這個基因在你研究中的疾病到底是個什么情況。 不用翻TCGA，你就可以在基因雷達中中查看CCL5在33種腫瘤中正常組織和癌組織的表達情況。在工具中輸入CCL5，選擇表達概況，就可以得到下面的結果。 （點開看大圖）  PS:表達概況是基于TCGA的RNA-SEQv2數據中的標準化數據文件中的表達值進行直接使用(數據收集時間為2016年6月)。 CCL5在乳腺癌轉移中有重要作用，通過下面數據可以推測CCL5在某些腫瘤中高表達也可能具有轉移作用，比如膀胱膀胱尿路上皮癌（BLCA）。 再看研究概況 好，有數據依據了，那CCL5別人都研究到什么程度了呢？這時你可以通過工具中的研究熱點來看。研究熱點根據基因在數據庫中的注釋情況，從相關文獻、通路、功能、已驗證的靶向miRNA、和疾病五個角度來統計和評價基因研究情況。 （點開看大圖）  PS : 綠色代表目標基因，灰色代表了數據庫中眾基因在 各個層面的中位數。 1. 相關文獻：被文獻報道的總次數； 2. 通路：即根據KEGG數據庫統計基因參與的通路的數 量； 3. 功能：即根據Go數據庫（Gene Ontology，基因本 體學數據庫），統計基因參與的功能(生物過程)的數 量。 4. 已驗證的靶向microRNA：已經有文獻發表驗證的 miRNA的數量。 5. 疾?。阂呀浻形墨I發表的疾病數量。 從上圖綠色包圍灰色的形勢看，這個CCL5也算研究的熱門了。點擊相應的內容，可以進入到對應的數據界面。 那CCL5都在哪些疾病中研究過了呢？點擊“disease”就可以跳轉到疾病界面，它統計了基因的研究最多的疾病TOP 20。我們關注CCL5在癌癥轉移方面的研究，找到“癌癥轉移”，不算太多，點擊即可進入文獻詳情頁面。 （點開看大圖）  好用不？下面解決下第二個問題。 2 確定基因后如何快速確定下一步怎么做 現在假設CCL5是可以作為我們后續的研究對象，在基因層面，一般的思路是先做基因的功能驗證，再探討基因的作用機理。前者比較常規，在這不做過多討論，今天來看看如何用基因雷達快速挖掘出基因可能的調控網絡。 畫調控網絡 在機制探索中，找出關鍵基因后，會以它為中心展開，看其受到哪些基因調控，又調控了哪些基因，就是所謂的找其上下游基因/調控因子，進而摸索出一整個調控網絡。  在基因里雷達中，調控網絡整合了文獻報道過的TF，miRNA，lncRNA及KEGG數據庫中的上下游基因。如CCL5的調控網絡，不同色塊代表不同的基因層面和作用方式，點擊圖中的某個點可看到具體的數據信息。 （點開看大圖）  ps： 1. 轉錄因子：已經有文獻報道的相關轉錄因子； 2. miRNA：已經有文獻報道的相關miRNA； 3. lncRNA：依據文獻挖掘可能有關的lncRNA；（準確性較弱） 4. 上下游相關基因：依據KEGG數據庫的基因上下游關系。 圖很炫，但結果這么多，咋理出一條線來呢？這個的話就需要結合具體的研究場景去做篩選了。 如果想找新的被人沒做過的轉錄因子，可在基因雷達中的預測轉錄一因子部分查看。還是CCL5為例，CCL5預測到的TF只有三個，這樣 （點開看大圖）  Ps：基于基因的轉錄本通過Transfac數據庫進行轉錄因子預測，以推薦度來表示預測出來的轉錄因子的科研價值，推薦度越高越好。 用完只有一種感覺，專門為我這種四體不勤的人準備的嘛。求鏈接！ |
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