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之前小編為大家推送了利用DAVID網站進行差異基因的GO和KEGG分析，鏈接：DAVID&Metascape：專注于基因功能注釋和富集通路分析的網站。而基因功能注釋后就可以尋找蛋白表達之間的關系了，在生信分析中，常常會使用STRING網站+Cytoscape軟件來制作蛋白互作網絡圖(PPI)。今天小編奉上一部PPI制作教程，讓我們一起細細咀嚼吧！ 首先我們進入STRING網站的官網(網址為https:///)，界面很簡單明了，左側一欄是網站的輸入方式，右側一欄是我們的蛋白輸入框。通常我們在做PPI時選擇輸入方式是“Multiple proteins”，即多個蛋白的輸入。  選擇好蛋白的輸入方式后，輸入一列差異基因，STRING網站對基因的限制條件是不超過2000個基因，格式也是每行一個基因名(或者說是蛋白名字吧，總之就是差異基因所表達的蛋白)。簡而言之，這個頁面上的操作的步驟是先選擇“Multiple protenins”，然后輸入基因名，最后選擇“Homo sapiens”。  然后點擊“SEARCH”選項，千萬別停下來，繼續點擊“CONTINUE”選項。  這樣就做好了一張PPI圖，但是看上去還是比較雜亂的，因此我們需要通過Cytoscape軟件對PPI圖進一步做美化處理。  下拉當前頁面，可以看到一行菜單，Legend菜單里面是關于網絡圖中Nodes和Edges的注釋，了解一下。  Settings菜單功能比較重要，比如我們對Edges的選擇，“confidence”是通過線條的粗細來反映蛋白之間相互作用的強弱。如果我們制作的網絡圖比較分散，我們可以通過設置“minimum required interaction score”將conbined_score調高來調整PPI，使圖形看上去更緊密。  如果我們覺得網絡圖上的蛋白數量較少，我們可以通過設置蛋白數量的上限，比如我們將其設置為“no more than 50 interactors”，看下效果。  明顯可以發現網絡圖變得更加復雜，線條也更多了。  在Analysis菜單里面，我們可以查看network的一些信息，包括nodes、edges、degree、PPI富集分數的P值等，同時我們也能查看GO和KEGG功能富集信息及其他信息。   Clusters菜單，是將PPI網絡進行聚類，點擊APPLY。  我們可以看到，通過聚類后，蛋白通過聚類形成不同顏色的成簇分布的蛋白互作網絡圖。 如果我們想要在Cytoscape軟件中調整網絡圖，直接點擊“Exports”選項，下載TSV格式的文件保存。 保存好的TSV格式文件是Cytoscape軟件數據的輸入方式之一，當我們在STRING網站完成PPI制作之后，就可以打開Cytoscape軟件了。 第一步是導入數據：File-Import -Network-file,然后選擇TSV格式的文件。 數據導入完成后如下圖，右邊的圖形是剛剛在STRING網站中的PPI導入到Cytoscape軟件后的圖形，看上去確實精簡了不少，和原圖相比只是把沒有相互作用關系的蛋白去掉了，這樣的圖確實精簡，但是看上去也還是不咋滴！ 下面就開始對這幅圖進行改造，我們依次點擊Tools- NetworkAnalyzer-Network Analysis-Generate style from statistics。 最終會出現一個彈窗。 小編對于這個彈窗的理解是，在Cytoscape軟件中Node的大小和漸變顏色由Degree來調整，Edge的粗細和漸變顏色由combined_score來調整。 點擊“Apply”后出圖，可以看見，這個圖形簡直是有了180度的變化了，像個文章中的PPI了。 此外，如果我們想要制作以某個蛋白為中心的PPI，如何去制作呢？Cytoscape提供了一套完美的解決方案。例如，我們選擇IL10蛋白作為中心蛋白，首先點擊該蛋白。 再點擊下圖標注的圖標，它表示是與IL10蛋白有直接關系的Nodes，同時這些蛋白和IL10一起都被選中了。 依次點擊File-New- Network-From selected nodes,all edges。 最終，一張以IL10為中心的局部PPI網絡就形成了，這樣的圖是不是看上去能更加美觀呢！ STRING網站是我們在生信分析中針對蛋白互相作用分析的一個重要工具，然而，它提供給我們的圖形是十分粗獷的，但是當它結合了Cytoscape軟件對PPI的美化功能后，我們的圖形會出現脫胎換骨的氣息！ |
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