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基于免疫基因組開發(fā)乳頭狀甲狀腺癌預(yù)后指標(biāo) 今天為大家?guī)淼氖茄芯考谞钕侔╊A(yù)后的文獻(xiàn)[Development of a prognostic index based on an immunogenomic landscape analysis of papillary thyroid cancer；2019.1；IF:4.867]。甲狀腺乳頭狀癌(PTC)是甲狀腺癌中最常見的亞型，而炎癥與其發(fā)生和預(yù)后密切相關(guān)。因此，迫切需要系統(tǒng)地探索其免疫基因組結(jié)構(gòu)，改善PTC的預(yù)后。癌癥基因組圖譜(TCGA)提供了大量的PTC樣本，有助于對免疫基因組進(jìn)行全面可靠的研究。 數(shù)據(jù)：整合了TCGA的493名PTC患者的免疫相關(guān)基因（IRG）表達(dá)譜和以及具有生存信息的臨床數(shù)據(jù)。 需要的小伙伴掃碼獲取更多信息
結(jié)果1：識別差異表達(dá)的免疫相關(guān)基因 圖1 圖2 作者首先使用edgeR算法識別了5498個差異表達(dá)的基因，其中表達(dá)上調(diào)的基因有2258個，而表達(dá)下調(diào)的基因?yàn)?240個（圖1A,1C）。在這一基因集合中提取了374個免疫相關(guān)的差異表達(dá)基因，這其中包括269個上調(diào)的以及105個下調(diào)的基因（圖1B,D）。接下來作者又進(jìn)行了功能富集分析，發(fā)現(xiàn)顯著富集在炎癥相關(guān)通路，功能富集結(jié)果如圖2所示。 結(jié)果2：識別有預(yù)后效能的免疫相關(guān)基因 圖3 由于了解疾病的結(jié)局對于臨床治療十分重要，在這一部分作者致力于發(fā)現(xiàn)有預(yù)后價值的分子marker。經(jīng)過篩選，在PTC中最終發(fā)現(xiàn)了130個IRGs與PFI顯著相關(guān)。接下來進(jìn)行功能富集，可以發(fā)現(xiàn)相似的結(jié)果，這些基因主要富集在細(xì)胞互作以及運(yùn)動通路中，功能富集結(jié)果如圖3所示。 結(jié)果3：識別hub免疫相關(guān)基因 圖4 表1 為了得到與預(yù)后顯著相關(guān)的基因，作者最終篩選出一些特別顯著的基因圖4以及表1所示，圖4B展示了作者運(yùn)用蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)來篩選hub基因，最終得到三個hub基因（圖4B）,圖4C展示了功能富集分析的結(jié)果。 結(jié)果4：刻畫hub免疫相關(guān)基因 圖5 圖6 在這一部分作者對得到的hub基因進(jìn)一步刻畫，使用表達(dá)譜的森林圖展示，在PTC中識別的hub IRGs是上調(diào)的（圖5A），而一個風(fēng)險比森林圖展示大部分基因是保護(hù)因素（圖5B），這些IRGs具有顯著預(yù)后價值，接下來對其分子特征進(jìn)行全面刻畫，作者觀察了這些基因的基因組改變情況，發(fā)現(xiàn)普遍存在mRNA上調(diào)以及深度缺失的現(xiàn)象（圖6）。 結(jié)果5：TF調(diào)控網(wǎng)絡(luò) 圖7 在這一部分作者為了探索與這些hub IRGs臨床意義相對應(yīng)的潛在分子機(jī)制，進(jìn)一步研究了這些基因的調(diào)控機(jī)制。作者檢測了318個轉(zhuǎn)錄因子(TFs)的表達(dá)譜，發(fā)現(xiàn)其中51個在PTC和非腫瘤甲狀腺樣本中有差異表達(dá)（圖7A）。在Z這51例TFs中，11例與PTC患者的PFI相關(guān)(圖7B),作者進(jìn)一步基于這11個調(diào)控因子構(gòu)建了調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，這個調(diào)控關(guān)系圖如圖7所示。 結(jié)果6：臨床結(jié)局的評估 圖8 圖9
表3 在這一部分，基于多因素cox回歸分析的結(jié)果，作者構(gòu)建了一個預(yù)后signature將患者劃分為兩組，這兩組具有不同的臨床結(jié)局（圖8），這個基于免疫的指數(shù)能夠成為區(qū)分不同臨床結(jié)局的PTC患者的有力工具（圖9A）。圖9B展示了這個指標(biāo)的ROC,用多因素矯正的回歸分析揭示了這個預(yù)后signature能夠作為一個獨(dú)立的預(yù)測子（表2）。進(jìn)步一步發(fā)現(xiàn)這個預(yù)后signature在不同亞型中具有不同情況（圖9C-E），作者也探索了這些基因的臨床顯著性（表3）。 結(jié)果7：這個預(yù)后signature的臨床效能
圖10
圖11 在這一部分作者首先分析了這個基于免疫的預(yù)后指數(shù)與其他臨床因素的關(guān)系（圖10），接下來作者探索了是否這些免疫基因組反映了免疫微環(huán)境的狀態(tài)，作者分析了這個預(yù)后指數(shù)與免疫細(xì)胞浸潤的關(guān)系。 這篇文獻(xiàn)的主要內(nèi)容就介紹到這里，可以看出作者從免疫入手，接下來基本上就是純預(yù)后分析，但是分析的非常全面，這種刻畫角度非常值得我們學(xué)習(xí)。 弱弱的說下貌似這個分析思路可以直接套用其他癌型數(shù)據(jù)哦， 需要的小伙伴掃碼獲取更多信息
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