|
1. siRNA原理 siRNA為 small interfering RNA的縮寫，siRNA與靶向特異性的mRNA結合，通過RNA介導的沉默復合體RISC（RNA-induce siliencing complex）介導mRNA的降解。siRNA長度一般為21-23nt，被RISC識別結合之后，siRNA發生解旋。然后RISC在siRNA的反義鏈指導下，尋找具有同源序列的內源性的mRNA，并在距離5’端10-11位剪輯之間切割mRNA，從而導致轉錄后基因沉默。 siRNA的原理如下：  2. siRNA設計步驟 首先選擇一個靶基因的目的片段位置，并顯示出代表性的siRNA序列； 其次從候選的siRNA中排除含有SNP位點的和位于非開放閱讀框架的片段； 接下來去除一些不利siRNA序列，如簡并堿基、毒性結構域、重復序列、高GC/低GC序列； 然后從熱烈學、高級結構等打分，列出從高到低的序列； 隨后將siRNA片段進行Blast分析，去除非特異結合的序列； 最后預設計幾條siRNA序列 3.siRNA在線設計網址 siRNA有很多在線設計工具。我們今天介紹兩個在線設計工具，以p21為例，我們在pubmed上面找到其mRNA的序列。并得到FASTA格式的序列：  首先我們來看一下第一個在線設計工具，我們打開網址 http://sidirect2./  在上面的界面中，我們可以輸入Accestion number，我們也可以直接輸入FASTA格式的序列，直接點擊“design siRNA”即可，或者可以點擊 Options，進行一些其他的設置。稍等片刻，得到如下的結果：  結果中顯示了目標位置，靶序列，RNA oligo等一些其他的信息。 接下來我們看一下另外一個在線工具，同樣以p21為例，打開下面網址：http://biodev.extra./DSIR/DSIR.html  這個在線工具中，只能輸入FASTA數據。然后點擊“Run analysis”得到如下的結果：  這個結果中，排名越靠前，預測的效果越好。我們結合第一個在線工具來分析，發現在696附近的siRNA序列在兩種預測軟件中都有，所以我們可以選擇在696附近的序列作為我們待驗證的siRNA序列。當然最終效果是否好，還得看預實驗驗證。 |
|
|
