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    師姐 10 年文獻閱讀心得,原來高手也用套路……

     心隨所愿zh 2020-11-08


    對于一個剛踏入科研領域的小白來說,入科第一天的內容往往是師兄/師姐 or 小導師丟來一包沉甸甸的、滿懷愛意的文獻,并留下諄諄教誨「先把這些文章都看了」,就飄然離去。


    空留萌新對著滿屏密密麻麻的英文,和除了顏色啥也看不懂的圖表,陷入呆滯 ( ̄△ ̄;)


    只能含著淚,谷歌翻譯一句讀一句,但這種形式卻沒人告訴你,效率低下又抓不到重點。并且……隨著年齡的增大……用腦過度、發際線后移、記憶力變差…


    最后,不但一天只讀下來一篇文章,還說不明白這文章究竟講了什么。


    那么,如何才能避免踩坑,高效率、有記憶力的閱讀一篇實驗類的 SCI 呢?


    下面我們就以一篇近期新發表在 nature 子刊《nature communication》上的機制性研究文章為例,和大家共同學習一下吧~



    (一)題目和摘要告訴我們的那些事


    首先,明確閱讀一篇實驗類文章的閱讀順序,以及每個部分的閱讀目的是最重要的。


    閱讀文章的題目和摘要自不用說,而讀這部分的目標則是——針對作者提到的關鍵靶點和機制,理出一條最為主干、且最直觀的邏輯鏈。


    典型的實驗類文章題目基本可以歸結為「A 通過 B 在 C 中發揮 D 功能」。


    比如說這篇文章,我們從題目中可以很容易提取到關鍵信息:BRG1,colonic inflammation,tumor,autophagy 和 oxidative stress。

    也即是 BRG1(A)通過自噬(B)在減輕結腸炎癥和腫瘤中(C)起到隔離氧化應激(D)作用。


    摘要有分段式和不分段式兩種,但是一般也都包含了背景介紹、方法、結果和結論三個部分,所以這一部分我們放到后面和他們相對應的部分一起講解。

    Fig.1 題目和摘要(來自文獻)



    (二)看圖說結果


    是的,你們沒有看錯,閱讀完了題目和摘要部分,下一步我們先直接跳到后面閱讀結果部分,并且故事要從讀 Figure 和 Legend 開始。

    此時,小可愛們最好拿起你的小本本,記下筆記。因為,讀圖是理解作者邏輯的最好也是最重要的部分。記下一些關鍵內容對稍后的進一步整理極有幫助,畢竟……筆者就是那種看了后面就忘記前面的老年人 T T。


    那么下面,就先一起來看看示例中這篇文獻的 7 張組圖都說了些啥。


    圖片來源:文獻截圖


    比如圖 1a,我們首先會注意到 dataset GSE,作者首先自網上獲取基因數據,發現在患者和健康人中 BRG1 基因表達存在統計學差異。

    接下來,圖 1b 和 c 都是對數據庫中獲得的這一基因表達差異在 mRNA 和組織學水平進行驗證。總之,圖 1 一句話概括,患者的 BRG1 基因表達和正常人不一樣。


    由于篇幅所限,下面筆者用一張圖展示一下所有 Fig 作者都做了一些啥??

    圖片來源:筆者自己做的

    按照這個邏輯,每個 Fig 只用一句話概括總結,歸納出的內容,居然和作者所列出的結果部分的小標題,幾乎是一毛一樣!

    好的,結果部分我們就讀完了,先暫時把這張圖放到一邊(沒想到,這文章的工作量真不是一般的大)。


    (三)結合討論完善因果關系


    討論部分不管是讀還是寫,都是會讓萌新特別頭大的地方。

    但是,基本上來說,討論的第一段往往是作者再次重申本研究的動機;最后一段,則是再次重申重要結果,描述研究意義以及表達局限性;中間,則是對想要重點說明的問題,結合文獻予以描述。


    在看討論之前,我們可以先嘗試自己勾畫結果圖之間的因果關系。如果發現有哪一部分缺少了,或者感覺證明的鏈條不是那么的順暢,這個時候我們不妨先看看討論里有沒有提及這一區塊。

    在結果中有一些部分的實驗作者可能沒有進行驗證,往往會采用既往文獻補充描述的方式、或者是在局限性中提及來使自己的邏輯鏈更加完整。


    比如,這篇文章,就可以簡單的調整一下位置,畫幾個圈,畫幾個箭頭,就整理完了,是不是炒雞簡單!


    圖片來源:筆者自己做的



    (四)回頭看背景介紹和方法


    至此,其實我們已經把文章的主要內容讀完了。

    1. 背景介紹

    背景介紹可以作為一個文獻相關研究進展的補充,也可以作為幫助萌新鍛煉科研思維、了解本領域相關研究的好物。

    另一方面,多觀摩別人的文章也有助于自己在剛開始寫文章的時候,對背景介紹的框架結構、思路順序、前后連接都能起到很好的參考作用。


    背景介紹部分,從作者的角度可以基本概括為「我們已知的」和「我們未知的」。

    「我們已知的」:基本上可通過作者的描述,構建出相關研究的進展框架;

    而「我們未知的」:就是作者本文要做的內容,只要看到哪里 unknown 或者未發現相關研究了,那 99% 下面作者就要說,「因此,我們做了啥啥啥….」,在此也不再贅述。

    當然,對于 SCI 寫作苦手的萌新來說,強烈建議邊讀邊摘錄背景介紹中的通用句型和詞匯,作為日后寫自己作的素材庫。精讀文章的時候堅持這樣做,等到有朝一日你們開始寫自己的 SCI 的時候,會來感謝筆者的……


    2. 研究方法

    對于大部分小可愛們而言,重點需要關注的是,研究者采用的各種損傷/疾病模型,并且要加上自己的思考。

    比如,為什么要這樣建立模型、具體的建模方法、該方法合理嗎、可信度和可行性如何、作者又是如何確定模型建立成功,這樣也是很多審稿人會關注的地方。

    另外,可以用來學習參考的是,作者為了驗證一個問題的時候采用了哪幾種方法,以及各種實驗參數。

    至于具體操作,筆者建議大家還是去知網找一找使用了同樣方法的博、碩士畢業論文來看。

    不少學子們為了湊字數,方法寫的那叫一個詳細、具體,非常便于重復,反而是有一些 SCI 文章,會因為這樣、那樣的原因有意模糊掉一些操作細節。



    (五)最后的最后,記得加上自己的思考


    雖然,關于如何開始閱讀一篇 SCI 文章我們今天已經講得很多了,但筆者最后還是想真誠的加上這一部分。


    相信一篇需要精讀的文章,它必定是分值比較高 or 具有不錯的設計 or 研究內容和自己比較有關系,因此可以從中學到的東西必然是不少的。

    但也請大家注意,幾乎不存在百分之百完美的設計和文章,時刻清醒的保持一個批判學習的態度是十分重要的。


    在一篇文章讀到最后之后,再回看整篇文章,嘗試提出自己的疑問并且解決,非常有利于科研思維的培養。全篇相信別人的文章,或者不假思索的直接全盤模仿別人文章的模式去設計自己的實驗都不是不可取的。


    畢竟….. 大家都是要寫 SCI、標書,有朝一日要成為答辯評審專家的準大佬嘛(夢想還是要有的,萬一有一天實現了呢~)。


    最后,祝小可愛們讀文愉快~


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    參考文獻:
    [1] M. Liu et al., 「BRG1 attenuates colonic inflammation and tumorigenesis through autophagy-dependent oxidative stress sequestration,」 Nat. Commun., vol. 10, no. 1, p. 4614, Dec. 2019.

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