【原】德州學院：EVLncRNA 2.0——經過實驗驗證的功能性長鏈非編碼RNA的數據庫

LncRNA在許多不同的生物學過程中起著重要的功能作用，但并非所有lncRNA都具有功能。因此有必要收集所有實驗驗證的功能性lncRNA（EVlncRNA）及其序列、結構和在中央數據庫中標注的功能。來自德州學院生物物理研究院（山東省生物物理重點實驗室）王吉華、周耀旗課題組的研究人員在Nucleic Acids Research雜志上發表文章，更新了EVLncRNA2.0數據庫中的已驗證的lncRNA信息，該數據庫可從https://www./EVLncRNAs2/免費獲得。

RNA編碼的轉錄物（包括非編碼RNA）比蛋白質多一個數量級，這為我們對基因組調控的理解提供了范式轉變。特別是長鏈非編碼RNA（lncRNA），已成為每個生物過程的關鍵參與者，并與許多人類疾病相關，包括癌癥、心血管疾病和神經退行性疾病。LncRNA可以調節順式基因表達并反式發揮功能。越來越多的研究表明，lncRNA通過調節靶基因的表達發揮功能，而遺傳變異（例如單核苷酸多態性SNP）可能會影響lncRNA的表達。這些lncRNA分子也許是在分子水平上完成對生物體理解的最后一個難題。隨著高通量技術的普及和發展，根據高通量數據（HTLncRNA）預測的lncRNA數量呈指數增長，可參考NONCODE數據庫中的歷史數據。相比之下，通過低通量實驗技術驗證的功能性lncRNA（EVLncRNA）數量直到2016年之后才出現增加。HTlncRNA數量與EVlncRNA數量之間的巨大差異需要一個獨立而又全面的數據庫，用于收集EVlncRNA的序列、結構和功能以及相關的表型，這與UniProt數據庫對蛋白質所做數據庫的相似。EVlncRNAs數據庫是第一個接受這種挑戰的數據庫。 

自發布以來，EVlncRNAs數據庫仍然是經過實驗驗證的功能性lncRNA的唯一綜合數據庫。隨著人們對lncRNA的興趣日益增長，相關研究和出版物的數量呈指數增長，尤其是在這些年（從1990年到2020年8月），不斷發現了新穎的功能和機制。例如，LINC-PINT是編碼肽的環狀lncRNA，可抑制膠質母細胞瘤中的致癌轉錄延伸。尿液中外泌體lncRNA MALAT1、PCAT-1和SPRY4-IT1的表達特征可以作為診斷和預測膀胱癌復發的非侵入性生物標志物。

在這篇文章里，研究人員報告了EVLncRNA 2.0版的重大更新，方法是從過去四年（2016年5月1日至2020年5月15日）的19245篇文章中手動提取信息。新版本現在包含40種EVlncRNA，共有124種，比以前的版本增加了一倍以上。具體來說，帶注釋的EVlncRNA的數量、相關疾病、lncRNA-疾病關聯和相互作用記錄分別比之前增加了260％、320％、484％和537％。此外，數據庫增加了幾個新類別：8個lncRNA結構，33個外泌體lncRNA，188個環狀RNA和1079個耐藥、耐化療和抗應激lncRNA。此版本還帶有高度交互的視覺交互網絡，可幫助用戶跟蹤lncRNA、miRNA、蛋白質、基因和其他功能元件之間的潛在關系。此外，它提供了四個新的生物信息學工具的鏈接，這些工具具有改進的數據瀏覽和搜索功能。EVLncRNAs 2.0數據庫可從https://www./EVLncRNAs2/免費獲得。