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    預測模型第4篇 | 臨床預測模型開發checklist詳解

     醫科研 2021-01-25

      

    歡迎來到醫科研,這里是白介素2的讀書筆記,跟我一起聊臨床與科研的故事, 生物醫學數據挖掘文獻分享,R語言,TCGA數據、GEO數據庫, SEER數據挖掘, 臨床預測模型研究。



    簡介近年來關于預測模型的文章很多,但很多相關研究都存在各種各樣的不規范,也就是開發的模型成千上萬,正能用的少之又少。關于那些 prognostic gene model就更不用說了,今天灌明天灌肯定是不行的。

    前文我們已經對TRIPOD聲明的內容即背景進行了介紹預測模型第3篇|你的預測模型文章報告是規范的嗎?,本文對TRIPOD checklist-開發預測模型進行詳細解讀。

    要發表高質量的臨床預測模型研究,應該參考真正規范的報告模型,我們根據這一的一個checklist來幫助我們查缺補漏。絕知此事要躬行,這里白介素2整理閱讀了來自 TRIPOD checklist文件,全文如下,如有不當之處,請諸位斧正。

    標題-Title

    1. Identify the study as developing and/or validating a multivariable prediction model, the target population, and the outcome to be predicted.

    • 文章標題應該指出是開發一個多因素預測模型

    • 指出目標人群

    • 指出預測的結局

    摘要-Abstrat

    1. Provide a summary of objectives, study design, setting, participants, sample size, predictors, outcome, statistical analysis, results, and conclusions.

    文章的摘要部分應該概括 目的研究設計納入人群樣本量預測因素預測結局統計分析結果文章結論 。一個好的摘要通常是簡明扼要的,但又不缺失這些信息,在臨床預測模型文章準備過程中應該按照這些核心元素去撰寫。

    前言-Introduction

    3a. Explain the medical context (including whether diagnostic or prognostic) and rationale for developing or validating the multivariable prediction model, including references to existing models.

    • 介紹醫學背景,是診斷模型還是預后模型以及開發或驗證多因素模型的理論基礎,同時也應該說明該具體問題之前的其它預測模型的研究情況,是否已有前人研究,效果如何。

    3b. Specify the objectives, including whether the study describes the development or validation of the model or both.

    • 明確點明目的,說明是 開發還是 驗證預測模型

    方法學

    數據來源-Source of data

    4a. Describe the study design or source of data (e.g., randomized trial, cohort, or registry data), separately for the development and validation data sets, if applicable

    • 描述 研究設計數據來源,分別描述開發集和驗證集的數據來源是隨機試驗,隊列,還是登記數據

    4b. Specify the key study dates, including start of accrual; end of accrual; and, if applicable, end of follow-up.

    • 描述研究的關鍵日期

    參與對象- Participants

    5a. Specify key elements of the study setting (e.g., primary care, secondary care, general population) including number and location of centres.

    5b. Describe eligibility criteria for participants.

    5c. Give details of treatments received, if relevant.

    • 描述研究關鍵的研究設定Care中心的位置和數量

    • 描述納入人群的標準

    • 必要時給出治療信息

    結局-Outcome

    6a. Clearly define the outcome that is predicted by the prediction model, including how and when assessed.

    6b. Report any actions to blind assessment of the outcome to be predicted.

    • 明確定義預測模型預測的結局,應該指出是如何和何時進行評估的

    • 報告預測結局的盲法,如果有的話

    預測因素-Predictors

    7a. Clearly define all predictors used in developing or validating the multivariable prediction model, including how and when they were measured.

    7b. Report any actions to blind assessment of predictors for the outcome and other predictors.

    • 清楚的報告用以開發或者驗證預測模型的預測因素,包括它們是何時以及如何測定的

    • 報告預測因素的盲法,如果有的話

    樣本量-Sample size

    1. Explain how the study size was arrived at.

    • 說明樣本量的大小

    缺失數據-Missing data

    1. Describe how missing data were handled (e.g., complete-case analysis, single imputation, multiple imputation) with details of any imputation method.

    • 描述 缺失數據是如何處理的,比如完整案例分析,單純插補, 多重插補方法。如有插補應該描述插補方法的細節。

    統計方法-Statistical analysis methods

    10a. Describe how predictors were handled in the analyses.

    10b. Specify type of model, all model-building procedures (including any predictor selection), and method for internal validation.

    10d. Specify all measures used to assess model performance and, if relevant, to compare multiple models.

    • 描述 預測因素(變量)在分析中是如何處理的

    • 指出模型的類型完整的模型構建步驟(包括變量選擇),以及內部驗證的方法

    • 指出用以評估模型表現的方法,如果相關的話,比較多個模型的表現

    風險分組-Risk group

    1. Provide details on how risk groups were created, if done.

    • 如果模型進行了風險分組,應該提供風險分組是如何得出的

    結果

    參與對象

    13a. Describe the flow of participants through the study, including the number of participants with and without the outcome and, if applicable, a summary of the follow-up time. A diagram may be helpful.

    13b. Describe the characteristics of the participants (basic demographics, clinical features, available predictors), including the number of participants with missing data for predictors and outcome.

    • 描述參與對象選擇的流程,包括有結局,無結局的對象;包括對隨訪時間的概括;最好以圖形的形式呈現

    • 描述納入人群的基線特征臨床特征,可以獲得的預測變量,包括含有缺失數據的納入人群

    模型開發-Model development

    14a. Specify the number of participants and outcome events in each analysis

    14a. If done, report the unadjusted association between each candidate predictor and outcome.

    • 指出每個分析中納入人群的數目,結局發生的數目

    • 必要時,報告潛在未校正的可能與結局相關的預測因素

    模型的具體說明-Model specification

    15a. Present the full prediction model to allow predictions for individuals (i.e., all regression coefficients, and model intercept or baseline survival at a given time point).

    15b. Explain how to the use the prediction model.

    • 完整的呈現模型的具體參數:例如回歸系數,基線生存的時間點

    • 解釋模型如何使用

    模型的性能-Model performance

    1. Report performance measures (with CIs) for the prediction model.

    • 報告預測模型性能的參數 (包括可信區間)

    討論

    局限性-Limitations

    1. Discuss any limitations of the study (such as  nonrepresentative sample, few events per predictor, missing data).

    • 討論研究的局限性 (例如樣本的代表性局限,結局事件少,缺失數據等)

    解釋-Interpretation

    19b. Give an overall interpretation of the results, considering objectives, limitations, and results from similar studies, and other relevant evidence.

    • 整體的解釋結果,考慮其它類似研究的目的,局限性,結果以及其它相關證據

    啟示-Implications

    1. Discuss the potential clinical use of the model and implications for future research.

    • 討論模型的潛在臨床應用價值和將來研究的方向

    其它信息-Other information

    補充信息-Supplementary information

    1. Provide information about the availability of supplementary resources, such as study protocol, Web calculator, and data sets.

    • 提供其它補充的信息,例如研究的步驟,網頁版的計算器,數據集信息

    資助信息-Funding

    1. Give the source of funding and the role of the funders for the present study

    • 給出基金來源及資助方在研究中的作用

    參考文獻

    https://www.

    TRIPOD checklist: Prediction model development

    相關文獻資料word及pdf版本已上傳至知識星球,供大家學習參考。

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