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PubMed 是一個(gè)免費(fèi)的搜尋引擎，提供生物醫(yī)學(xué)方面的論文搜尋以及摘要。它的數(shù)據(jù)庫(kù)來(lái)源為MEDLINE。其核心主題為醫(yī)學(xué)，但亦包括其他與醫(yī)學(xué)相關(guān)的領(lǐng)域，像是護(hù)理學(xué)或者其他健康學(xué)科。它同時(shí)也提供對(duì)于相關(guān)生物醫(yī)學(xué)資訊上相當(dāng)全面的支援，像是生化學(xué)與細(xì)胞生物學(xué)。該搜尋引擎是由美國(guó)國(guó)立醫(yī)學(xué)圖書(shū)館提供，作為 Entrez 資訊檢索系統(tǒng)的一部分。PubMed 的資訊并不包括期刊論文的全文，但可能提供指向全文提供者(付費(fèi)或免費(fèi))的鏈接。
PubMed是因特網(wǎng)上使用最廣泛的免費(fèi)MEDLINE,是美國(guó)國(guó)家醫(yī)學(xué)圖書(shū)館(NLM)所屬的國(guó)家生物技術(shù)信息中心(NCBI)于2000年4月開(kāi)發(fā)的,基于WEB的生物醫(yī)學(xué)信息檢索系統(tǒng),它是NCBI Entrez整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)查詢系統(tǒng)中的一個(gè)。PubMed界面提供與綜合分子生物學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)的鏈接，其內(nèi)容包括:DNA與蛋白質(zhì)序列，基因圖數(shù)據(jù)，3D蛋白構(gòu)象，人類孟德?tīng)栠z傳在線，也包含著與提供期刊全文的出版商網(wǎng)址的鏈接等。PubMed系統(tǒng)的特征工具欄提供輔助檢索功能、側(cè)欄提供其它檢索如期刊數(shù)據(jù)庫(kù)檢索、主題詞數(shù)據(jù)庫(kù)檢索和特征文獻(xiàn)檢索。提供原文獲取服務(wù)免費(fèi)提供題錄和文摘，可與提供原文的網(wǎng)址鏈接，提供檢索詞自動(dòng)轉(zhuǎn)換匹配，操作簡(jiǎn)便、快捷。Pubmed最近也是改頭換面了，為了能夠幫助大家快速熟悉上手新版Pubmed，我們這里進(jìn)行了常用功能的總結(jié)，供大家參考。 目錄
在PubMed基本檢索框中輸入檢索詞，點(diǎn)擊Search即可檢索文獻(xiàn)。
比如在檢索框中直接輸入septic shock，點(diǎn)擊檢索。
結(jié)果顯示界面如下，中間主體內(nèi)容為檢索獲得的文獻(xiàn)，左側(cè)主體內(nèi)容為Pubmed自帶或者你自己自主設(shè)置的過(guò)濾器。頁(yè)面右側(cè)頂端為檢索獲得文獻(xiàn)的排序方式。點(diǎn)擊高級(jí)檢索后出現(xiàn)如下頁(yè)面，主要包括3個(gè)部分，相信大家一看就懂，一個(gè)是可下拉式選擇過(guò)濾器的檢索方式（1）；一個(gè)是自主書(shū)寫(xiě)檢索式的檢索方式（2）；一個(gè)是進(jìn)行聯(lián)合檢索以及保存檢索式的地方（3）。
第一個(gè)檢索方式如下，選擇好相應(yīng)的過(guò)濾器后，輸入檢索詞，然后點(diǎn)擊右側(cè)邏輯詞，就會(huì)出現(xiàn)在下方的query box里面。
然后你可以點(diǎn)擊右側(cè)的search或者添加至歷史。
歷史檢索框這里，你可以點(diǎn)擊Actions進(jìn)行檢索式組合，刪除，或者保存。
你還可以點(diǎn)擊Details查看檢索式的具體情況，這對(duì)于書(shū)寫(xiě)meta分析檢索策略至關(guān)重要。
主題詞是將文獻(xiàn)研究的主要論點(diǎn)概括成(標(biāo)引)一個(gè)或多個(gè)規(guī)范化的語(yǔ)詞。 副主題詞是對(duì)主題詞的某一特定方面的限定，具有專指性。在進(jìn)行主題詞檢索時(shí)可以根據(jù)需要添加副主題詞，可以添加多個(gè)，也可以不添加。 主題詞在哪里查看？在PubMed檢索框右下角點(diǎn)擊MeSH Database進(jìn)入主題詞數(shù)據(jù)庫(kù)。 輸入檢索詞，點(diǎn)擊搜索，即可進(jìn)入主題詞結(jié)果界面。點(diǎn)擊sepsis后，進(jìn)入主題詞界面，在這個(gè)界面可以查看副主題詞以及該主題詞的其他信息。在下圖，我們還可以查看該主題詞相似詞匯，均可以作為關(guān)鍵詞進(jìn)行同時(shí)檢索。我們可以選中多個(gè)副主題詞，也可以不選擇，點(diǎn)擊生成檢索式，在點(diǎn)擊下面的檢索，即可檢索文獻(xiàn)。如下圖，我們選擇sepsis作為主題詞，選擇diagnosis和treatment作為副主題詞，使用OR邏輯詞連接，檢索相關(guān)的文獻(xiàn)。位置算符：(W) 、(N) 、 NEAR、PRE…1.邏輯“與”（AND或*）：是指兩個(gè)概念的交集。A AND B 或A*B表示檢出同時(shí)含有A、B兩個(gè)檢索詞的記錄。2.邏輯“或”（OR或+）：是指兩個(gè)概念的并集。A OR B或A+B表示檢出所有含有A詞或者B詞的記錄。3.邏輯“非”（NOT或—）：表示從兩個(gè)概念中除去交叉的部分。 ANOTB 或A-B表示檢出含有A詞，但同時(shí)不含有B詞的記錄。邏輯算符的優(yōu)先級(jí)為：NOT>AND>OR注：如想改變運(yùn)算先后順序，可以使用括號(hào)，邏輯算符的優(yōu)先級(jí)為（）>NOT>AND>OR 截詞，是指在檢索詞的適當(dāng)位置截?cái)唷＝卦~檢索就是用截?cái)嗟脑~的一個(gè)局部進(jìn)行的檢索，并認(rèn)為凡滿足這個(gè)詞局部中的所有字符（串）的文獻(xiàn)，都為命中的文獻(xiàn)。 截詞檢索是一種提高查全率，防止漏檢的檢索技術(shù)，尤其在 英文檢索 中被廣泛使用。 “*” 表示截?cái)酂o(wú)限個(gè)字符，即無(wú)限截?cái)啵?/section> “？”表示截?cái)嘁粋€(gè)字符，即有限截?cái)唷?/section>表示其兩側(cè)的檢索詞必須按前后順序出現(xiàn)在記錄中，不能顛倒，且兩詞之間不允許插入其他詞，只可能有空格或一個(gè)標(biāo)點(diǎn)符號(hào)。表示其兩側(cè)的檢索詞前后位置可以顛倒，在兩詞之間不允許插入其他詞，只可能有空格或一個(gè)標(biāo)點(diǎn)符號(hào)。如何讓Pubmed自動(dòng)發(fā)送最新文獻(xiàn)第一步 注冊(cè) PubMed PubMed 是可以免費(fèi)注冊(cè)的，注冊(cè)后即可享用很多個(gè)性化的服務(wù)，其中最重要的一項(xiàng)服務(wù)就是主動(dòng)為自己推送最新文獻(xiàn)。如果個(gè)人還沒(méi)有注冊(cè)，進(jìn)入 PubMed 界面上可見(jiàn)右上角顯示為：“Sign in to NCBI”。注冊(cè) PubMed 的第一步就是點(diǎn)擊“Sign in to NCBI”，之后可以進(jìn)入注冊(cè) 界面。點(diǎn)擊左下角的 Register for an NCBI account，可以進(jìn)入設(shè)置參數(shù) 的注冊(cè)界面。在這個(gè)注冊(cè)界面中，個(gè)人根據(jù)注冊(cè)提示填寫(xiě)相應(yīng)內(nèi)容即可。需要特別注意的是，PubMed 會(huì)默認(rèn)填寫(xiě)的郵箱地址為今后接收推送文章的郵箱。填寫(xiě)完畢后就可以登錄 PubMed了，登陸后的界面右上角變成：你的用戶名。第二步 保存檢索式和設(shè)定推送方法在 PubMed 檢索時(shí)，我們將檢索式設(shè)定為：'sepsis' AND 'resuscitation'，表示所有與膿毒癥復(fù)蘇相關(guān)的文章，檢索界面見(jiàn)下圖1。這里需要說(shuō)明的是，在本例中，筆者使用的是自由詞檢索，這種檢索方法有時(shí)并不是十分準(zhǔn)確。實(shí)際上，檢索詞的制定可以根據(jù)個(gè)人習(xí)慣來(lái)制定，其中可以設(shè)定多個(gè)布爾邏輯運(yùn)算、截詞檢索、主題詞檢索、限制字段檢索等方式。完成檢索后，點(diǎn)擊檢索框下面的Create alert，可以進(jìn)入圖 2 界面。
下面筆者簡(jiǎn)要介紹這個(gè)菜單中每個(gè)選項(xiàng)的意思：Name of search：即檢索結(jié)果的名稱，默認(rèn)的名稱是檢索式，但是可以根據(jù)個(gè)人習(xí)慣更改。例如在本例中，筆者就將檢索結(jié)果命名為 “ sepsis AND resuscitation ”。 Search terms：是指自己的檢索式，一般不需要更改。 Would you like E-mail updatesof new search results：默認(rèn)的選項(xiàng)是 No，Thanks。此處一定要更改為Yes，please。 E-mail：即 當(dāng) 有 新 的 文 獻(xiàn) 時(shí)，PubMed 需要將內(nèi)容推送至的郵箱。該郵箱一般默認(rèn)為注冊(cè)郵箱。當(dāng)然，個(gè)人也可以根據(jù)自己的習(xí)慣更改郵箱。 Schedule：表示推送頻率，一般建議選擇 daily，即每天推送。需要說(shuō)明的是，如果沒(méi)有文獻(xiàn)更新，PubMed當(dāng)天不會(huì)推送相關(guān)內(nèi)容。 Format：即 推 送 格 式， 一 般 選擇 Summary， 即 只 推 送 標(biāo) 題、 雜 志名、作者等內(nèi)容。當(dāng)然，也可以選擇Medline 格式，此時(shí)會(huì)推送摘要。 Number of items：這個(gè)比較關(guān)鍵，即每次推送的條目數(shù)，一般建議設(shè)置為 200（即最大值）。如果設(shè)置為 5 條，而當(dāng)天 PubMed 有 10 條更新，則其只會(huì)推送前 5 條。因此建議設(shè)置為最大。 設(shè)置完成后，點(diǎn)擊 Save，即完成了推送的相關(guān)設(shè)置。此后，一旦有相關(guān)的更新，PubMed 會(huì)在 24 小時(shí)內(nèi)向訂閱者的郵箱發(fā)送相關(guān)文獻(xiàn)。如果想退訂相關(guān)內(nèi)容，直接點(diǎn)擊郵件中的 Unsubscribe 即 可。當(dāng) 然，也可以通過(guò) PubMed 中的 My NCBI 進(jìn)行退訂。
如何使用Pubmed直接復(fù)制黏貼參考文獻(xiàn)曾幾何時(shí)，我們寫(xiě)作論文，整理申請(qǐng)材料，制作個(gè)人簡(jiǎn)歷時(shí)，在添加參考文獻(xiàn)或者添加自己發(fā)表的論文時(shí)，均是在谷歌學(xué)術(shù)、百度學(xué)術(shù)檢索，然后點(diǎn)擊“引用”復(fù)制黏貼就可以，有時(shí)確實(shí)是非常方便的，如下操作：
但是我們最常使用的Pubmed老版是這樣的“空空如也”，在老版Pubmed里面確實(shí)沒(méi)有可供直接生成，然后復(fù)制黏貼的功能。以前我們?cè)诓皇谴笈坎僮鲿r(shí)，甚至?xí)凑障鄳?yīng)的格式進(jìn)行一一復(fù)制，例如先復(fù)制作者名字，然后復(fù)制期刊名字，以及卷號(hào)，期號(hào)，頁(yè)碼等等。但是新版的Pubmed對(duì)此進(jìn)行了改進(jìn)，在檢索得到文獻(xiàn)后，下方出現(xiàn)了“Cite”選項(xiàng)，點(diǎn)擊之后可以進(jìn)行如下操作，直接復(fù)制；下載；更改格式。當(dāng)然這里提供的格式也是有限的，提供了APA,AMA,MLA,NLM四種。至于這四種引用格式有什么區(qū)別，可見(jiàn)如下表格：后記：本推文提供的新版Pubmed參考文獻(xiàn)格式，一般適用于參考文獻(xiàn)個(gè)數(shù)相對(duì)較少的情況，對(duì)于需要大批量處理的參考文獻(xiàn)，例如撰寫(xiě)論文時(shí)，不僅所需要的參考文獻(xiàn)數(shù)量較多，而且在后期的修改過(guò)程中，前后順序可能是需要更改的，我們還是不建議使用這種方法，還是推薦使用文獻(xiàn)管理工具的，例如ENDNOTE等。
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