【原】Nature Microbiology | 通過(guò)單細(xì)胞病毒標(biāo)記來(lái)定義人類腸道宿主-噬菌體網(wǎng)絡(luò)

推薦：江舜堯

編譯：靈筠

編輯：十九

文章摘要

不依賴于傳統(tǒng)培養(yǎng)的測(cè)序分析技術(shù)不斷進(jìn)步，病毒的發(fā)現(xiàn)也因此正以前所未有的速率進(jìn)行。其中鑒定這些最近鑒定但未經(jīng)培養(yǎng)病毒的宿主也是重要的研究目標(biāo)。為此，我們采用了病毒標(biāo)記方法，該方法不需要傳統(tǒng)培養(yǎng)，通過(guò)熒光標(biāo)記的病毒粒子吸附到未標(biāo)記的細(xì)菌宿主細(xì)胞，然后將其單獨(dú)分選為宿主-噬菌體對(duì)，再進(jìn)行基因組擴(kuò)增和高通量測(cè)序以鑒定宿主和附著的病毒。該研究展示了使用糞便微生物組的單細(xì)胞病毒標(biāo)記，包括人類受試者之間病毒和細(xì)菌的交叉標(biāo)記。總共預(yù)測(cè)363個(gè)宿主-噬菌體配對(duì)，大多具特異性，且包括了之前未鑒定的病毒，盡管多數(shù)細(xì)菌宿主具有已知的分類。這些配對(duì)中有五分之一是由多個(gè)單細(xì)胞病毒標(biāo)記的。在宿主-噬菌體網(wǎng)絡(luò)明顯缺乏靶向多種細(xì)菌的病毒，結(jié)果表明噬菌體不是人類腸道中跨物種水平基因轉(zhuǎn)移的主要載體。盡管受試者具有特異的病毒特性，但來(lái)自不同受試者的噬菌體和細(xì)菌間存在高度的交叉，這對(duì)糞菌移植治療（FMT）具有啟示意義。

文章中重要圖片說(shuō)明 

圖1 | 方法開(kāi)發(fā)

圖2 | 宿主-噬菌體分類鑒定的流程圖

圖3 | 在多個(gè)SAG中檢測(cè)到的病毒簇的實(shí)例

圖4 | 從11個(gè)受試者獲得的糞便宿主-噬菌體網(wǎng)絡(luò)

圖5 | 糞便宏基因組中的宿主-噬菌體比率

圖6 | 4個(gè)受試者之間的交叉單細(xì)胞病毒標(biāo)記

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