Nature子刊綜述 | Nature Biotechnology：地球微生物群落的基因組目錄 本文由茗溪編譯 美國(guó)能源部聯(lián)合基因組研究所Emiley A. Eloe-Fadrosh等人于2020年11月9日在Nature Biotechnology 發(fā)表題為《A genomic catalog of Earth’s microbiomes》的文章。本研究應(yīng)用大規(guī)?；蚪M解析宏基因組學(xué)技術(shù)，從Earth’s Microbiomes （GEM）目錄中恢復(fù)了52,515個(gè)中、高質(zhì)量宏基因組組裝基因組（MAGs），并證明了這一資源的價(jià)值。GEM目錄是基于從不同的微生物棲息地和地理位置取樣的10,450個(gè)宏基因組構(gòu)建而成的。這些基因組象征著12,556個(gè)新的候選種級(jí)操作分類單元（OTUs），它們代表了一個(gè)廣泛的捕獲未培養(yǎng)細(xì)菌和古細(xì)菌系統(tǒng)發(fā)育和功能多樣性的資源。 摘要：通過(guò)鳥(niǎo)槍法宏基因組重建細(xì)菌和古菌基因組可幫助我們深化環(huán)境以及宿主相關(guān)微生物群落的生態(tài)學(xué)和進(jìn)化的見(jiàn)解。本研究將這種方法應(yīng)用于從覆蓋地球所有大陸和海洋的不同棲息地收集的大于10,000個(gè)宏基因組，包括來(lái)自人類和動(dòng)物宿主、工程環(huán)境、自然和農(nóng)業(yè)土壤的宏基因組，以捕獲現(xiàn)有的微生物、代謝和功能潛力。該目錄包括52,515個(gè)宏基因組組裝的基因組，代表12,556個(gè)新的候選種級(jí)OTUs，跨越135個(gè)門(mén)。該目錄將已知的細(xì)菌和古菌的系統(tǒng)發(fā)育多樣性擴(kuò)展了44%，并廣泛用于流線型比較分析、人機(jī)交互式探索、代謝建模和批量下載等多個(gè)方面。本研究還展示了該集合在理解次級(jí)代謝物生物合成潛力和解決數(shù)千個(gè)新的宿主與未培養(yǎng)病毒的聯(lián)系方面的效用。這一資源強(qiáng)調(diào)了以基因組為中心的方法的價(jià)值，揭示影響生態(tài)系統(tǒng)過(guò)程的未培養(yǎng)微生物的基因組特性。 原名：A genomic catalog of Earth’s microbiomes 譯名：地球微生物群落的基因組目錄 期刊：Nature Biotechnology IF：36.558 發(fā)表時(shí)間：2020.11.9 通訊作者：Emiley A. Eloe-Fadrosh 通訊作者單位：美國(guó)能源部聯(lián)合基因組研究所 DOI號(hào)：10.1038/s41587-020-0718-6 原文鏈接： https://www./articles/s41587-020-0718-6 科研| Nature Communications：土壤微生物產(chǎn)甲烷作用的熱響應(yīng)隨溫度變化而減弱 本文由小白同學(xué)編譯 摘要：厭氧土壤環(huán)境中微生物的產(chǎn)甲烷作用對(duì)全球甲烷排放有很大的貢獻(xiàn)，了解其對(duì)溫度變化的響應(yīng)有利于研究這種溫室氣體與氣候變化之間的反饋機(jī)制。有氧土壤中微生物活動(dòng)的補(bǔ)償性熱反應(yīng)可以減少呼吸作用對(duì)溫度變化的響應(yīng)，然而，微生物產(chǎn)甲烷作用是否也表現(xiàn)出對(duì)溫度變化的代償反應(yīng)尚不清楚。本研究以大興安嶺和青藏高原的厭氧濕地土壤為研究對(duì)象，探討了為期160天的增溫(+4℃)和降溫(- 4℃) 實(shí)驗(yàn)如何影響微生物產(chǎn)甲烷作用的熱響應(yīng)，以及這些響應(yīng)是否與微生物群落的動(dòng)態(tài)變化相對(duì)應(yīng)。微生物產(chǎn)甲烷速率隨溫度升高而降低，隨溫度降低而升高，表明微生物產(chǎn)甲烷作用對(duì)溫度變化表現(xiàn)出代償性反應(yīng)。增溫和降溫條件下產(chǎn)甲烷菌群物種組成的變化在很大程度上解釋了土壤中的這種補(bǔ)償性反應(yīng)。因此，氣候變暖對(duì)土壤微生物驅(qū)動(dòng)的甲烷排放的促進(jìn)作用可能比目前預(yù)測(cè)的要小。 原名：The thermal response of soil microbial methanogenesis decreases in magnitude with changing temperature 譯名：土壤微生物產(chǎn)甲烷作用的熱響應(yīng)隨溫度變化而減弱 期刊：Nature Communications IF：11.878 發(fā)表時(shí)間：2020.11 通訊作者：聶明 通訊作者單位：復(fù)旦大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院 DOI號(hào)：10.1038/s41467-020-19549-4 原文鏈接： https://www./articles/s41467-020-19549-4 Microbiome科研| Microbiome：黑長(zhǎng)尾猴自然SIV感染過(guò)程中腸道和生殖器微生物組中微生物多樣性，組成和功能的變化 本文由小范兒編譯 美國(guó)加州大學(xué)洛杉磯分校，塞梅爾神經(jīng)科學(xué)和人類行為研究所，神經(jīng)行為遺傳學(xué)中心Anna J. Jasinska等人于2020年11月6日在Microbiome發(fā)表題為《Shifts in microbial diversity, composition, and functionality in the gut and genital microbiome during a natural SIV infection in vervet monkeys》的文章，文章通過(guò)對(duì)長(zhǎng)尾猴進(jìn)行研究，突出野生長(zhǎng)尾猴非致病性SIV感染的幾個(gè)獨(dú)特特征，包括微生物多樣性增加，成分變化，與致病微生物感染相關(guān)的途徑減少，腸道內(nèi)未感染狀態(tài)和慢性感染階段的微生物模式有更大的相似性。長(zhǎng)尾猴對(duì)SIV感染的反應(yīng)可能有助于防止微生物易位和隨后的疾病進(jìn)展，該研究結(jié)果有助于研究宿主微生物對(duì)病毒的適應(yīng)。 摘要：背景：微生物群在人類HIV發(fā)病機(jī)理中起重要作用。微生物群可以通過(guò)幾種途徑影響健康，如腸道炎癥加重，細(xì)菌產(chǎn)生的代謝物，以及微生物從腸道轉(zhuǎn)移到周?chē)?，?dǎo)致全身性慢性炎癥和免疫活化以及艾滋病的發(fā)展。與感染艾滋病毒的人類不同，感染SIV的長(zhǎng)尾猴不會(huì)出現(xiàn)腸道功能障礙、微生物易位和慢性免疫激活，也不會(huì)發(fā)展為免疫缺陷。在這里，我們首次報(bào)道SIV感染的天然不發(fā)病宿主—南非野生長(zhǎng)尾猴腸道和生殖道微生物生態(tài)系統(tǒng)的特性。 結(jié)果：對(duì)來(lái)自南非各地SIV感染嚴(yán)重地區(qū)的長(zhǎng)尾猴的糞便，直腸，陰道和陰莖微生物群進(jìn)行表征。地理位置、年齡和性別影響長(zhǎng)尾猴全身不同部位微生物群。糞便和陰道微生物組有明顯分層，糞便樣本中有3種腸道類型，陰道有2種腸道類型，預(yù)測(cè)每個(gè)部位的功能不同。外部生物氣候因素、生物群類型和環(huán)境溫度影響與陰道和直腸黏膜局部相關(guān)的微生物群。幾種糞便微生物分類群與血漿中的免疫分子水平相關(guān)，例如，MIG與Lactobacillus, Escherichia/Shigella 和 Helicobacter呈正相關(guān)，而IL-10與 Erysipelotrichaceae, Anaerostipes, Prevotella, 和 Anaerovibrio呈負(fù)相關(guān)，與Bacteroidetes 和 Succinivibrio正相關(guān)。在感染的慢性期，觀察到腸道微生物多樣性顯著增加，群落組成（包括腸道內(nèi)Proteobacteria / Succinivibrio減少）和功能發(fā)生改變（包括參與細(xì)菌侵襲上皮細(xì)胞的基因減少），以及在糞便微生物組中觀察到的與急性感染相關(guān)的微生物豐度變化的部分可逆性。作為研究的一部分，還使用糞便樣本開(kāi)發(fā)了SIV感染的準(zhǔn)確預(yù)測(cè)指標(biāo)。 結(jié)論：感染SIV的長(zhǎng)尾猴和感染HIV的人的微生物群對(duì)感染的應(yīng)答不同。長(zhǎng)尾猴對(duì)SIV感染的反應(yīng)可能有助于防止微生物易位和隨后的疾病進(jìn)展，可能代表宿主微生物對(duì)病毒的適應(yīng)。 原名：Shifts in microbial diversity, composition, and functionality in the gut and genital microbiome during a natural SIV infection in vervet monkeys 譯名：黑長(zhǎng)尾猴自然SIV感染過(guò)程中腸道和生殖器微生物組中微生物多樣性，組成和功能的變化 期刊：Microbiome IF：10.465 發(fā)表時(shí)間：2020.11.6 通訊作者：Anna J. Jasinska 通訊作者單位：美國(guó)加州大學(xué)洛杉磯分校，塞梅爾神經(jīng)科學(xué)和人類行為研究所，神經(jīng)行為遺傳學(xué)中心 DOI號(hào)：10.1186/s40168-020-00928-4 原文鏈接： https://microbiomejournal./articles/10.1186/s40168-020-00928-4 mSystems科研| mSystems：化學(xué)剖面提供了深入了解深海微生物降解碳?xì)浠衔锏拇x機(jī)制 本文由Sun編譯 墨西哥恩塞納達(dá)，下加利福尼亞恩塞納達(dá)高等教育科學(xué)研究中心，生物醫(yī)學(xué)創(chuàng)新研究部門(mén)的Alexei Licea-Navarro等人于2020年11月10日在mSystems發(fā)表題為《Chemical Profiling Provides Insights into the Metabolic Machinery of Hydrocarbon-Degrading Deep-Sea Microbes》的文章，本研究通過(guò)兩個(gè)深海微生物群落分類組成及代謝物的沉積物, 培養(yǎng)以碳?xì)浠衔餅?strong>唯一的能量來(lái)源，采用了一種非經(jīng)典的、非定向的方法，包括分子網(wǎng)絡(luò)和硅脫磷策略的互補(bǔ)狀態(tài)，并結(jié)合16S rRNA擴(kuò)增測(cè)序及LC-MS/MS技術(shù)對(duì)深海微生物的碳?xì)浠衔?strong>代謝進(jìn)行研究。為微生態(tài)研究中提供了以前未報(bào)道過(guò)的證據(jù)，證明深海微生物在有毒烴類存在的情況下蓬勃發(fā)展，并揭示了與微生物降解烴類相關(guān)的代謝物的化學(xué)系統(tǒng)。本研究還強(qiáng)調(diào)了非靶向代謝組學(xué)和綜合化學(xué)信息學(xué)評(píng)估微生物利用碳?xì)浠衔?/strong>作為能源的能力的適用性。 摘要：眾所周知，海洋微生物能夠降解碳?xì)浠衔?然而，生活在深海沉積物中的微生物大部分仍未被探索。先前對(duì)海洋微生物代謝經(jīng)典途徑的研究揭示了不同的化學(xué)反應(yīng);然而，與碳?xì)浠衔锱囵B(yǎng)的海洋微生物的代謝譜是有限的。本研究獲得了2個(gè)深海環(huán)境沉積物(1200 m深)的分類學(xué)(擴(kuò)增子測(cè)序)剖面，以及以烴類為唯一能源培養(yǎng)的深海沉積物中微生物的分類學(xué)和代謝組學(xué)(質(zhì)譜代謝組學(xué))剖面。從墨西哥灣(GM)采集樣品，使用簡(jiǎn)單(甲苯、苯、十六烷和萘)和復(fù)雜(石油API 40)碳?xì)浠衔锘旌衔镒鳛槲ㄒ荒茉催M(jìn)行28天培養(yǎng)。沉積物中微生物群落類型多樣，主要分布在Woeseiaceae和Kiloniellaceae兩科，而在與烴混合培養(yǎng)后，細(xì)菌群落主要分布在Pseudomonadaceae和Enterobacteriaceae兩科。微生物代謝物的化學(xué)圖譜顯示了主要屬于脂類和類脂分子超類以及有機(jī)雜環(huán)化合物超類的各種化學(xué)基團(tuán)(ClassyFire注釋)。代謝組學(xué)數(shù)據(jù)和功能剖面預(yù)測(cè)表明，與碳?xì)浠衔镆黄鹋囵B(yǎng)的樣品中芳香和烷烴降解增加。以前未報(bào)道的代謝物，鑒定為烴類降解的中間產(chǎn)物，被注釋為羥基化多不飽和脂肪酸和羧化苯衍生物。總之，本研究使用基于質(zhì)譜的代謝組學(xué)和化學(xué)信息學(xué)相結(jié)合，展示了深海沉積物中的微生物如何在烴類存在的情況下培養(yǎng)。這項(xiàng)研究還強(qiáng)調(diào)了這種實(shí)驗(yàn)方法可以如何用于加深對(duì)深海沉積物微生物降解碳?xì)浠衔锏睦斫狻?/span> 關(guān)鍵詞：16S rRNA、深海微生物、石油烴降解、海洋細(xì)菌、質(zhì)譜分析法、代謝組學(xué) 原名：Chemical Profiling Provides Insights into the Metabolic Machinery of Hydrocarbon-Degrading Deep-Sea Microbes 譯名：化學(xué)剖面提供了深入了解深海微生物降解碳?xì)浠衔锏拇x機(jī)制 期刊：mSystems IF：6.633 發(fā)表時(shí)間：2020.11 通訊作者：Alexei Licea-Navarro 通訊作者單位：下加利福尼亞州恩森納達(dá)高等教育科學(xué)研究中心 DOI號(hào)：10.1128/mSystems.00824-20 原文鏈接： https://msystems./content/5/6/e00824-20 科研| mSystems：噬菌體和抗生素在小鼠糖尿病損傷治療模型中效果的比較：微生物學(xué)和抗生素評(píng)分 本文由三生符府主編譯 法國(guó)南特臨床藥房的Jean-Fran?ois Huon等人于2020年11月10日在mSystems發(fā)表題為《Phages versus Antibiotics To Treat Infected Diabetic Wounds in a Mouse Model: a Microbiological and Microbiotic Evaluation》的文章。他們的工作旨在評(píng)估在慢性金黃色葡萄球菌感染的糖尿病小鼠模型中單獨(dú)或與口服阿莫西林-克拉維酸聯(lián)合施用的噬菌體局部應(yīng)用的治療效果。他們證明了對(duì)金黃色葡萄球菌感染的糖尿病損傷小鼠模型中，單獨(dú)外用特定噬菌體對(duì)生存，臨床結(jié)局和細(xì)菌載量的潛在效果。與抗生素治療相比，噬菌體治療還顯示出對(duì)腸道菌群的低影響。 摘要：糖尿病具有一系列并發(fā)癥，包括可能導(dǎo)致肢體截肢的慢性感染。被感染的傷口的治療被減少組織灌注的動(dòng)脈病以及細(xì)菌耐藥性的嚴(yán)重發(fā)展所中斷。我們?cè)u(píng)估了在金黃色葡萄球菌傷口感染的小鼠模型中局部應(yīng)用噬菌體與口服阿莫西林-克拉維酸相比的影響。我們發(fā)現(xiàn)噬菌體治療可改善感染后7天和14天的臨床愈合并減少局部細(xì)菌負(fù)荷。與抗生素不同，噬菌體療法不會(huì)耗盡所治療動(dòng)物的腸道菌群。阿莫西林導(dǎo)致鼠微生物群中α和β多樣性的降低，甚至在治療結(jié)束后7天后依舊擾亂菌群結(jié)構(gòu)，而噬菌體治療并未影響菌群。糖尿病足感染的管理通常對(duì)于外科醫(yī)生和傳染病專家來(lái)說(shuō)是死胡同。當(dāng)要治療的病原體對(duì)常規(guī)抗生素不具有抗藥性時(shí)，后者往往會(huì)使腸道菌群失衡，而腸道菌群與多種病狀有關(guān)。從臨床和微生物學(xué)的角度來(lái)看，用噬菌體進(jìn)行局部治療除了比抗生素更有效之外，還兼顧了患者的微生物群。這些結(jié)果指出，使用噬菌體治療作為替代方案是一條康莊大道，有必要對(duì)這類治療方案進(jìn)行推介。 原名：Phages versus Antibiotics To Treat Infected Diabetic Wounds in a Mouse Model: a Microbiological and Microbiotic Evaluation 譯名：噬菌體和抗生素在小鼠糖尿病損傷治療模型中效果的比較：微生物學(xué)和抗生素評(píng)分 期刊：mSystems IF：6.633 發(fā)表時(shí)間：2020.11 通訊作者：Jean-Fran?ois Huon 通訊作者單位：CHU Nantes，法國(guó)南特臨床藥房。 DOI號(hào)：10.1128/mSystems.00542-20 原文鏈接： https://msystems./content/5/6/e00542-20 Gut科研 | Gut：腸道微生物群的異常改變宿主代謝并影響人類和嚙齒動(dòng)物的腎功能衰竭 本文由茗溪編譯 法國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)研究院 Stanislav Dusko Ehrlich、中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué)于政權(quán)和任發(fā)政等人于2020年11月6日在Gut發(fā)表題為《Aberrant gut microbiota alters host metabolome and impacts renal failure in humans and rodents》的文章，本研究通過(guò)在2組隊(duì)列（223名ESRD患者和69名健康對(duì)照者）中表征他們的腸道微生物組、血清、糞便代謝組和人類表型，證實(shí)腸道微生物群可作為一個(gè)有前景的靶點(diǎn)來(lái)降低尿毒癥類患者尿毒毒性，為后續(xù)ESRD的研究奠定基礎(chǔ)。而最近有學(xué)者證明了特定腸道微生物可以調(diào)節(jié)尿酸中毒素和吲哚酰硫酸鹽的濃度，這項(xiàng)研究也可能產(chǎn)生治療上的見(jiàn)解。 摘要：目的：通過(guò)對(duì)動(dòng)物的研究發(fā)現(xiàn)，腎衰竭患者的癥狀可能與尿毒毒素或腸道微生物有關(guān)。這項(xiàng)研究的目的是研究人類終末期腎病（ESRD）中腸道微生物組組成、尿毒癥毒素和腎功能衰竭癥狀之間的關(guān)系。 設(shè)計(jì)：在223名ESRD患者和69名健康對(duì)照者這2組隊(duì)列中表征他們的腸道微生物組、血清、糞便代謝組和人類表型。整理多維數(shù)據(jù)以揭示這些數(shù)據(jù)集與使用慢性腎臟疾?。–KD）嚙齒動(dòng)物模型之間的聯(lián)系，從而測(cè)試腸道微生物對(duì)毒素積累和疾病嚴(yán)重程度的影響。 結(jié)果：在ESRD中富集的一種微生物與患者的臨床變量密切相關(guān)，并編碼毒素和二級(jí)膽汁酸合成的功能。其中，微生物功能的相對(duì)豐度與這些代謝物的血清或糞便濃度有關(guān)。與對(duì)照組的微生物群相比，來(lái)自移植腎損傷的無(wú)菌小鼠體內(nèi)的微生物群或抗生素處理大鼠體內(nèi)的微生物群更能誘導(dǎo)血清尿酸中毒毒素的產(chǎn)生，加重腎纖維化和氧化應(yīng)激。而在CKD大鼠模型中，有2個(gè)物種（Eggerthella lenta 和Fusobacterium nucleatum）可增加尿毒毒素的產(chǎn)生并促進(jìn)腎臟疾病的發(fā)展。一種益生菌Bifidobacterium animalis 可減少這些菌種的數(shù)量，也降低了毒素水平和疾病的嚴(yán)重程度。 結(jié)論：ESRD患者體內(nèi)異常的腸道微生物群形成了有害的代謝體，加重了臨床預(yù)后，揭示了腸道微生物群是降低尿毒癥類患者尿毒毒性的一個(gè)有前景的靶點(diǎn)。 原名：Aberrant gut microbiota alters host metabolome and impacts renal failure in humans and rodents 譯名：腸道微生物群的異常改變宿主代謝并影響人類和嚙齒動(dòng)物的腎功能衰竭 期刊：Gut IF：19.819 發(fā)表時(shí)間：2020.11 通訊作者：Stanislav Dusko Ehrlich、于政權(quán)和任發(fā)政 通訊作者單位：法國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)研究院和中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) DOI號(hào)：10.1136/gutjnl-2019-319766 原文鏈接： http://dx./10.1136/gutjnl-2019-319766 SBB科研| Soil Biology and Biochemistry：苔蘚生物結(jié)皮擾動(dòng)對(duì)中國(guó)西南退化喀斯特地貌土壤養(yǎng)分、酶活性和微生物群落的影響 本文由達(dá)達(dá)兔編譯 中國(guó)貴州師范大學(xué)喀斯特科學(xué)學(xué)院李曉娜等人于2020年11月9日在Soil Biology and Biochemistry發(fā)表題為《Effects of disturbance to moss biocrusts on soil nutrients, enzyme activities, and microbial communities in degraded karst landscapes in southwest China》的文章，本研究主要分析去除生物結(jié)皮和沒(méi)有去除生物結(jié)皮，土壤養(yǎng)分含量（土壤有機(jī)碳、總氮、總磷、硝態(tài)氮和銨態(tài)氮）和酶活性（土壤β葡糖苷酶、蔗糖酶和脲酶）。結(jié)果表明去除生物結(jié)皮的土壤養(yǎng)分含量和酶活性降低。土壤細(xì)菌可作為退化喀斯特地區(qū)苔蘚生物結(jié)皮擾動(dòng)的指示物。這些研究促進(jìn)人們更好的認(rèn)識(shí)在全球氣候變化情況下的生物結(jié)皮生態(tài)學(xué)。 摘要：生物結(jié)皮是地球表面提供重要功能和服務(wù)的生態(tài)系統(tǒng)工程師。退化喀斯特地貌的生物結(jié)皮生態(tài)還沒(méi)有得到充分的認(rèn)識(shí)。本研究的目的是來(lái)填補(bǔ)這項(xiàng)空白，通過(guò)比較中國(guó)西南相連的退化喀斯特中心地區(qū)中完整生物結(jié)皮和沒(méi)有生物結(jié)皮的土壤養(yǎng)分、胞外酶活性和微生物群落組成。結(jié)果表明，去除生物結(jié)皮形成的苔蘚一年后，土壤養(yǎng)分含量（土壤有機(jī)碳、總氮、總磷、硝態(tài)氮和銨態(tài)氮）、酶活性（土壤β葡糖苷酶、蔗糖酶和脲酶）比沒(méi)有去除生物結(jié)皮的顯著降低。除真菌群落外，去除生物結(jié)皮顯著降低了細(xì)菌群落的總生物量、生物多樣性和土壤細(xì)菌群落的豐富度，改變了細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)。此外，去除生物結(jié)皮顯著降低了細(xì)菌網(wǎng)絡(luò)的大小和復(fù)雜度，但是真菌網(wǎng)絡(luò)的降低程度較小。微生物群落的研究結(jié)果表明，在去除生物結(jié)皮苔蘚的反應(yīng)上土壤細(xì)菌比真菌反應(yīng)更靈敏，土壤細(xì)菌可作為退化喀斯特地區(qū)苔蘚生物結(jié)皮擾動(dòng)的指示物?？偟膩?lái)說(shuō)，這些發(fā)現(xiàn)突顯了在退化喀斯特地貌中保留苔蘚生物結(jié)皮作為生態(tài)系統(tǒng)功能的研究熱點(diǎn)的重要性和寶貴的微生物遺傳資源的重要性，并促進(jìn)人們更好的了解在全球氣候變化情況下的生物結(jié)皮生態(tài)學(xué)。 關(guān)鍵詞：苔蘚生物結(jié)皮、土壤養(yǎng)分、酶活性、微生物群落、網(wǎng)點(diǎn)、喀斯特地貌 原名：Effects of disturbance to moss biocrusts on soil nutrients, enzyme activities, and microbial communities in degraded karst landscapes in southwest China 譯名：苔蘚生物結(jié)皮擾動(dòng)對(duì)中國(guó)西南退化喀斯特地貌土壤養(yǎng)分、酶活性和微生物群落的影響 期刊：Soil Biology and Biochemistry IF：5.79 發(fā)表時(shí)間：2020.11 通訊作者：李曉娜 通訊作者單位：貴州師范大學(xué)喀斯特科學(xué)學(xué)院 DOI號(hào)：10.1016/j.soilbio.2020.108065 原文鏈接： https://www./science/article/abs/pii/S0038071720303618 Journal of Applied Microbiology科研| Journal of Applied Microbiology：施用微生物菌群促進(jìn)了茶樹(shù)的生長(zhǎng)，并影響了根際土著細(xì)菌群落 本文由Sun編譯 重慶市農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所的商靜等人于2020年11月10日在Journal of Applied Microbiology發(fā)表題為《Application of a microbial consortium improves the growth of Camellia sinensis and influences the indigenous rhizosphere bacterial communities》的文章，本研究選擇了茶樹(shù)(Camellia sinensis (L.) 作為研究對(duì)象。評(píng)估PGPMs在現(xiàn)場(chǎng)條件下的性能或適應(yīng)性，采用了溫室、田間試驗(yàn)的方法并結(jié)合16S rRNA擴(kuò)增測(cè)序及網(wǎng)絡(luò)建設(shè)與分析技術(shù)對(duì)微生物聯(lián)合處理改變了根際細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)及植物生長(zhǎng)作用進(jìn)行了研究。為微生態(tài)研究中了解PGPM菌群如何與宿主植物、根際細(xì)菌和土壤環(huán)境相互作用，對(duì)于商業(yè)開(kāi)發(fā)促進(jìn)茶樹(shù)生長(zhǎng)的微生物菌群治療至關(guān)重要。 摘要：目的：探討微生物菌群對(duì)茶樹(shù)生長(zhǎng)及根際細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)的影響。方法與結(jié)果: 在溫室試驗(yàn)的基礎(chǔ)上，選擇微生物菌群TCM進(jìn)行田間試驗(yàn)。與對(duì)照組相比，TCM顯著提高了芽密度(67.53%)、葉面積(31.15%)和百芽重(22.5%) 在180天的過(guò)程中。此外，TCM處理土壤顯著增加有機(jī)質(zhì)(60.89%)、全氮(66.22%)、全磷(3.34%)、速效磷(3.82%)、速效鉀(9.24%)和23 mm水穩(wěn)性團(tuán)聚體(77.93%)。分子生態(tài)網(wǎng)絡(luò)分析表明，TCM應(yīng)用后根際菌群的模塊化程度和群落、連接和節(jié)點(diǎn)數(shù)量均有所增加。植物促生細(xì)菌如Haliangium、Catenulispora和Gemmatimonas等被分類為樞紐或指示菌，并與其他細(xì)菌表現(xiàn)出密切的聯(lián)系。結(jié)論: TCM聯(lián)合菌劑增強(qiáng)了土壤礦質(zhì)營(yíng)養(yǎng)的有效性，影響了根際土著菌群，改變了根際菌群的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)，促進(jìn)了中華樹(shù)的生長(zhǎng)。研究意義和影響:TCM促生機(jī)制與根際細(xì)菌多樣性密切相關(guān)，因此，加強(qiáng)根際細(xì)菌間的相互作用可能有助于促進(jìn)茶樹(shù)生長(zhǎng)，是一種可持續(xù)的促進(jìn)茶樹(shù)生長(zhǎng)和健康的途徑。 關(guān)鍵詞：茶樹(shù)、微生物菌群、根際細(xì)菌、分子生態(tài)網(wǎng)絡(luò)分析 原名：Application of a microbial consortium improves the growth of Camellia sinensis and influences the indigenous rhizosphere bacterial communities. 譯名：施用微生物菌群促進(jìn)了茶樹(shù)的生長(zhǎng)，并影響了根際土著細(xì)菌群落 期刊：Journal of Applied Microbiology IF：3.066 發(fā)表時(shí)間：2020.11 通訊作者：Jing Shang 通訊作者單位：重慶市農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所 DOI號(hào)：10.1111/jam.14927 原文鏈接： https://sfamjournals.onlinelibrary./doi/abs/10.1111/jam.14927 免費(fèi)領(lǐng)取方法 關(guān)注《微生態(tài)》公眾號(hào)，掃碼聯(lián)系微生態(tài)老師19（微信號(hào)M19925472683），備注《微生物最新研究進(jìn)展文獻(xiàn)包》，即可獲得文獻(xiàn)包。
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