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我在我在04-轉錄組筆記推文任務列表（半年期）里面安排了6個經典綜述和10篇轉錄組應用文獻給大家，可惜愿意沉下心了認真苦學的并不多。（https://share./doc/14uneHKvPg） 所以安排轉錄組講師給大家做一下領讀： 文章信息
數據和方法測序數據：GSE121838
RNA-Seq 和分析
數據樣本類別：
ATAC-seq 和分析
數據樣本類別：
ChIP–seq analysis
主要結果1 Sex-specific VAT T~reg~ cell molecular profile（RNA-seq結果）visceral adipose tissue，縮寫為VAT：內臟脂肪組織 T~reg~ cell：調節性T細胞，介紹及功能可以參考：https://www./doi/full/10.1161/atvbaha.114.303568 1）首先是male的VAT中的T~reg~ cell VS spleen的T~reg~ cell ，FDR<0.1，FC>2，篩選到大約3000個差異表達基因。 轉錄組的標準分析，比較容易復現，基本上看我六年前的表達芯片的公共數據庫挖掘系列推文即可；
結果如下圖：  2）female中的結果，只有305個顯著差異表達的基因：  3）第三組差異比較：VAT Treg cells男性VS女性，有1100個差異表達基因。在男性中高表達的基因有：Il1rl1 (encoding ST2), Il10, Ccr2 and Klrg1；Pparg (required for VAT Treg cell differentiation20), Prdm1 (encoding BLIMP1, associated with effector Treg cell differentiation21) and Gata3 。在女性中高表達的有：Sell (encoding CD62L), Cxcr5, Stat1, Foxo1 and Tcf7。 splenic Treg cells男性VS女性，沒有差異基因。  4）為了測試不同的轉錄譜的男性和女性的T~reg~細胞是否反映不同的染色質可及性，進行了ATAC-Seq分析。在VAT T~reg~中我們篩選到了3,833 loci有性別差異，這里面包括Il1rl1, Il10, Pparg and Klrg1，這幾個基因也在VAT Treg cells的轉錄組層面性別差異中。  2 T~reg~ cell extrinsic sex-hormonal function性激素是許多發育過程的中心，并在脂肪組織中富集。 3 VAT inflammation recruits T~reg~ cells1）男性（h圖）：VAT皮下脂肪組織 比 SV-AT內臟脂肪組織 2）皮下脂肪組織（i圖）：男性比女性，總共有1300多個差異表達基因，在雄鼠中高表達的有contribute to inflammation (Tnf, Ccl2 and Il1b) ，tissue fibrosis(Col6a5)，prostaglandin metabolism (Hpgds)。  4 Sex hormones control IL-33^+^ stromal cells5 BLIMP1 controls VAT T~reg~ cell genes總結此文章應該是RNA-Seq與其他組學組合應用的一篇文章，如ATAC-Seq，ChIP–seq。 文末友情推薦 |
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