《運行》
哥白尼在一個秋雨綿綿的日子離開意大利。當時天空出現了彗星斷天的異象，廣大地區瘟疫流行。正在這時，羅馬教皇亞歷山大又誤喝了謀害別人的毒酒而喪命。意大利教會就趁機提出種種“警告”，招搖撞騙，愚弄人民。當哥白尼回到波蘭時，天空出現另一個罕見的星象，教會也在大肆活動，鬧得首都克拉科夫烏煙瘴氣。
原來，教會宣告天空將連續出現四次土星和木星“會合”的異象，說這是上天對世人的一個嚴重警告。世上將出現一個冒牌的先知，洪水和瘟疫將接連而來，并將引起社會騷亂和國家崩潰。這種種謠言鬧得人心不安，有錢的人拚命尋歡作樂，希望擺脫對于未來的恐懼；窮苦的老百姓為了向教會購買“贖罪符”，更是弄得傾家蕩產，難以活命。天空一向是教會敲詐勒索的搖錢樹，他們把“天堂中的位置”裝在自己的錢包里，大量兜售“贖罪符”，搜括民財。當時波蘭赫赫有名的宗教裁判官鐵哲爾就說過，向他孝敬錢財的人可以消災免禍，連死去的人也可以贖洗罪孽。他的口頭禪是：“銀錢投入圣柜，靈魂升入天堂！”
這時，哥白尼和他的朋友們也在克拉科夫研究兩星“會合”的問題。哥白尼發現教會的說法包含數據的錯誤，顯然是妖言惑眾。于是，他和朋友們決定各自在不同的地區進行觀測，以便一起來揭發教會的邪招。
當第四次“會合”發生的時候，哥白尼正在赫爾斯堡他舅父務卡施的主教官邸，主持與十字騎士團的斗爭，雖然政務繁忙，哥白尼仍然堅持觀測星象。
觀測的結果證實了哥白尼的預見?！皶稀钡娜掌?，和教會所說的不符，而和哥白尼的推算卻是相符的——它提前了一個多月。哥白尼的朋友們也觀測到同一個星象。
在赫爾斯堡，由于朋友們不斷催促，哥白尼把他的“太陽中心學說”寫出了一個提綱，取了一個樸素的名字，叫《試論天體運行的假設》，抄送給他的幾個心腹朋友。他宣布：“所有的天體都圍繞著太陽運轉，太陽附近就是宇宙中心的所在。地球也和別的行星一樣繞著圓周運轉。它一晝夜繞地軸自轉一周，一年繞太陽公轉一周……?！?/span>
哥白尼所宣布的是一個巨大的學說體系的輪廓，它在參加聚會的朋友中間引起了許多爭論。哥白尼對許多疑問都作了解答。在結束辯論的時候，他引用了古羅馬大詩人西塞羅的話：“沒有什么東西趕得上宇宙的完整，趕得上德行的純潔。”他用這句話表明了一具信念，那就是：宇宙是完整的、對稱的、和諧的，是具有可以理解的規律和秩序的。
《試論天體運行的假設》是哥白尼學說的第一塊基石，但要在這塊基石上建立起宏偉的理論大廈，還需要做許多準備工作。
1512年，務卡施病死，哥白尼離開了赫爾斯堡，遷居到教區大教堂所在寺的弗隆堡。弗隆堡瀕臨波羅的海，是個小小的漁港。哥白尼在弗隆堡定居以后，就買下城堡的一座箭樓。這座箭樓本來是作戰用的，三角形的樓頂向前傾側，幾乎伸到圍墻的外邊。樓頂的最上層有三個窗口，那里是哥白尼的工作室。下面兩層是臥房，各有一個射擊用的槍眼。從最上層的窗口可以向四面八方觀測天象。遇到樓頂妨礙觀測的時候，外邊的露臺就成了他的觀測臺。他在這里一直住到去世。
這時，哥白尼已將他未來的著作取名為《運行》。在他看來，運動才是生命的真諦——運動存在于萬物之中，上達天空，下至深海。沒有什么東西是靜止的，一切東西都在生長、變化、消失，千秋萬代繼續不停。《運行》這一著作，就是要揭示大自然這一最本質的秘密。哥白尼的這一觀點，肯定了客觀世界的存在和它的規律性，閃耀著樸素的唯物主義哲學的光輝。
哥白尼對地球的形狀，曾多次作過間接的觀測。早在1500年11月6日，他就在羅馬近郊的一個高崗上觀測月食，研究地球投射在月球表面的弧狀陰影，從而證實了亞里士多德關于地球呈球狀的論斷。在定居弗隆堡時，他曾多次站在波羅的海岸邊觀察帆船。有一次，哥白尼請求一艘帆船在桅頂綁上一個閃光的物體，他站在岸邊看著這艘帆船慢慢駛運。他描寫這次觀察的情況說：“隨著帆船的遠去，那個閃光的物體逐漸降落，最后完全隱沒，好像太陽下山一樣?！边@次觀察使他得出一個結論：“就連海面也是圓形的?！?/span>
在陰濕多霧的波羅的海的岸邊，逢到嚴寒的冬夜，天空沒有云影，星星在藍天閃爍著耀眼的寒光，哥白尼總是利用這種難得的機會，穿上皮襖，束緊風帽，把儀器搬到箭樓的露臺上，進行通宵達旦的觀測。他所用的儀器都是自己動手做的，一共有三種。測量行星距離的“三弧儀”，是用樅樹桿削成的，用墨水劃上刻度，照準器也是雕出來的。測量月球和行星位置的“捕星器”，它是用六根樹條繞成圓圈做成的。測定太陽中天時高度的“象限儀”，它是一塊很大的正方形木板，右上角裝著帶刻度的木環，擱架上有個“水準儀”，其實只是一個盛了水的玻璃管。觀測日食本來要在水里觀測倒影，為了減少提水上箭樓的麻煩，他打破常規，改用一塊帶孔眼的護窗板把日影映到墻上。哥白尼就是利用這些簡陋的設備，在弗隆堡前后進行了有紀錄可查的50多次觀測，其中包括日食、月食、火星、金星、木星和土星的方位等等。這些觀測在望遠鏡發明以前能做得那么精確，這是很不容易的，難怪后來許多杰出的天文學家都非常欽佩。
1516年秋天，盤踞在波蘭以北的十字騎士團，屢次進犯邊境。教會借重哥白尼的聲望和才學，派他擔任俄爾斯丁教產總管，去對付大軍壓境的強敵。
就在那烽火連天的歲月里，哥白尼開始撰寫他的不朽著作——《運行》。他在俄爾斯丁城堡的哨塔上布置了一個簡單的觀測臺，并隨身帶去一些必要的資料。當時整部著作的內容已有個輪廓了，全書計劃寫成八卷（出版時是六卷）。第一卷已經動筆了，進展很慢，這是因為大敵當前，哥白尼必須全力以赴地對付敵人的挑釁和騷擾。
1519年秋天，哥白尼辭去教產總管的職務，又回到弗隆堡，用他的全部精力來撰寫《運行》。但是，戰爭的風暴很快席卷到這里，弗隆堡陷入十字騎士團的重圍之中。敵人燒殺虜掠，斷絕糧草，企圖迫使守軍投降。這時，教堂的神父都逃跑了，有的甚至叛國投敵。但哥白尼仍舊留在城中，同居民一起支援守軍作戰。他們還修筑運河，興修水利，哥白尼設計修建的水閘和水磨，在當時對支持戰爭和繁榮經濟是具有重大意義的。
第二年秋天，哥白尼再度擔任俄爾斯丁教產總管。這時十字騎士團已經侵占了附近的許多城堡，直逼俄爾斯丁。哥白尼把由他保管的錢財全部拿出來支援作戰，并親自部署防務，登城督戰。十字騎士團用燃燒彈攻城，哥白尼叫人用浸濕的皮子去捂滅敵人的燃燒彈。經過五天五夜的激烈戰斗，城市依然屹立著。十字騎士團大公霍亨侖惱羞成怒，特地派人到弗隆堡去，把他的藏書、手稿和儀器一把火燒光。哥白尼始終堅守城堡，霍亨侖無可奈何，只好撤軍，同意休戰。戰后，波蘭國王齊格蒙特論功行賞，委派哥白尼為俄爾斯丁的行政長官。
1525年秋天，哥白尼寫作《運行》的工作，才在弗隆堡全力展開。這時，哥白尼的箭樓上來了一個女管家，名叫安娜。安娜出身名門，性情嫻淑，衷心愛慕哥白尼，毅然拋棄世俗的成見，和被教會剝奪了結婚權利的哥白尼同居。哥白尼在安娜的幫助和照顧下，書桌上的手稿迅速地一疊疊地增加起來了。
出版艱難
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哥白尼與天體論
哥白尼對于這本著作的出版，為什么要“遲疑不決”呢？原因就在于他害怕教會對這一新興科學理論的迫害。
早在哥白尼旅居意大利的時候，教皇亞歷山大六世就重新頌布圣諭，禁止印行未經教會審查的書籍，可疑的書籍一律焚毀。
1506年哥白尼從意大利歸國時，就親眼看到宗教裁判官對胡斯分子的血腥鎮壓，許多密謀聚會的人都被抓起來活活燒死。在哥白尼的一生里，波蘭國境內至少進行過300次以上的宗教裁判活動。哥白尼也經常受到威脅和迫害，在他擔任弗隆堡大教堂修士的瓦爾米亞教區，他舅父務卡施大主教死后，幾個繼任的大主教都三令五申地“查禁邪教”并對修士們嚴加監視。他們認為哥白尼是個“叛教者”，直到他臨終時，身邊還有上司所布置的密探和奸細。
主使迫害哥白尼的，是波茲南宗教裁判官堆霍茲烏施，他是一個焚書的狂徒，后來升任波蘭大主教。他連哥白尼的親戚朋友都看成眼中釘，恣意迫害，其中包括修士亞歷山大·斯古爾捷特和女管家安娜。
斯古爾捷特雖是個修士，卻信奉無神論，自己不做圣功，別人做圣功他還嘲笑。他對哥白尼十分欽佩，兩人很快就成為知己。這就引起霍茲烏施和新任主教揚·丹提謝克的猜忌。丹提謝克是個很陰險的家伙，他看出如果《運行》出版，他所維護的神學殿堂就會土崩瓦解。于是，丹提謝克開始向哥白尼步步進逼。他首先要哥白尼和斯古爾捷特斷絕往來遭到哥白尼的嚴詞拒絕。斯古爾捷特后來遭到羅馬教廷拘捕。
不久，丹提謝克又根據弗隆堡教長的告密，強迫哥白尼和安娜脫離關系。哥白尼和安娜同居已近十年，感情很深。哥白尼向丹提謝克這個無理的要求提出抗議，丹提謝克胡說安娜已使哥白尼“失魂落魄”，為了他的“靈魂得救”，他勒令安娜立即遷出弗隆堡。哥白尼在悲憤之下，幾次要扯下身上的僧袍，揚言要還俗。為了使哥白尼的寫作工作能繼續下去，安娜忍痛離開了箭樓。不久，她又被驅逐出境。
這一期間，羅馬教廷對哥白尼的學說也很感驚慌。1533年，教皇克雷蒙七世曾叫人闡述“太陽中心學說”的基本原理。哥白尼學說的革命內容使教皇大為震驚，他決定想辦法把哥白尼的手稿控制起來。1536年，一個紅衣主教寫信向哥白尼索取手稿，哥白尼拒絕了。
意大利天文學家伽利略（1564～1642年）曾經說過：“我一想起我們的教師哥白尼的命運，就感到心驚膽顫?！钡牵虝钠群Σ⒉荒茏柚埂哆\行》的出版，哥白尼的斗爭得到了不少人的支持。
1539年春天，一個青年學者帶著許多珍貴的書籍，千里迢迢地來到弗隆堡，拜哥白尼為師。他就是德國威滕堡大學的數學教授列提克，后來成為哥白尼唯一的門生。在列提克的鼓勵和支持下，哥白尼很快就振奮起來了。他們一起修訂《運行》的原槁，積極準備出版。這時，丹提謝克聽說哥白尼收留了一個“邪教徒”，就命令搜查修士們的住宅，看看“是否藏有充滿路德教派毒素的書籍”。
積極支持哥白尼出版《運行》的，還有他的朋友鐵德曼·吉哲，鐵德曼當初是弗隆堡的修士，早就了解哥白尼并一直支持他的科學研究工作。后來，鐵德曼升為柳瓦巴教區的主教。他看到哥白尼的困境，就邀請哥白尼和列提克到柳瓦巴教廷作客，以便他們集中精力完成定稿工作。丹提謝克立即對鐵德曼進行恫嚇，宗教裁判官霍茲烏施還說在鐵德曼的著作里發現了什么“荷蘭邪教”，企圖加罪于他。
這時，哥白尼的學說在社會上也引起了不少的非難。新教徒（路德派）比舊教徒更為敵視哥白尼的學說。馬丁·路德曾挖苦說：“這個傻瓜想要推翻整個天文學！”《宗教宣言》的執筆人菲利普·梅蘭赫東也指責哥白尼“不顧眼前的事實而想入非非?！?/span>
在埃爾布郎格城里還上演了一幕鬧劇。它諷刺一個裝腔作勢的天文學家把自己的著作鎖在柜子里，滿嘴胡言亂語，最后被魔鬼套上大車送進了地獄。這個劇本當然是影射哥白尼的。原來，哥白尼那篇闡明當時連續出現彗星完全是大自然的現象、和人們的生活毫不相干的論文的發表，得罪了教會，教會就采取這種卑鄙的伎倆對哥白尼進行公開的侮辱。
盡管環境很險惡，哥白尼并沒有妥協。1541年，他最后下決心將他的著作復印。
哥白尼將他幾十年來心血的結晶——《運行》的手稿，交給他的朋友柳瓦巴教區的主教鐵德曼，鐵德曼又轉交列提克。列提克因被來比錫大學請去教書，便將這本書的出版工作交給他的朋友、紐倫堡的一個出版商奧塞安德爾。奧塞安德爾曾學過天文學，他在領袖梅蘭赫東的授意下，竄改了原稿，刪減了哥白尼學說的一些內容，力求使科學遷就當時社會的舊有認識。
1543年5月24日，當這部巨著印好并送到弗隆堡時，久病的哥白尼已危在旦夕。御醫梭爾法把書放到被子上，并把哥白尼的手放到書上，哥白尼用他的無力的手痙攣地抓住書本。哥白尼已到彌留的時刻，一小時以后他就與世長辭了。
《運行》帶著遍體鱗傷，在人世間流傳了300多年。
直到19世紀中葉，《運行》的原稿才在布拉格一家私人圖書館里被發現。1873年，出版了增補哥白尼原序的《天球運行》，有關原子說的章節仍未補入。1953年，《天球運行》出第四版時，才全部補足原有的章節，這時哥白尼已經逝世了410年。
