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染色體外環狀DNA（eccDNA）屬于線性的染色體DNA的一個擴展。之前對于eccDNA的基本特征，我們基于一個綜述進行了簡單的介紹: [[eccDNA基本內容]]。而關于eccDNA相關的數據庫，目前一共也才有兩個在線數據庫。今天就先來其中的一個：CircleBase: http://circlebase./welcome/index
背景數據集介紹CircleBase中的eccDNA主要來自于之前發表的eccDNA研究的測序數據。基于之前的文章，作者一共找到601036個eccDNA。對于找到的eccDNA作者首先使用HOMER進行了基因組注釋。進一步，對注釋到的基因進行了使用多個數據庫進行了綜合性的分析，其中包括調控的基因，轉錄調控分析，基因eQTL，染色質相互作用等等。 數據庫使用CircleBase可以直接輸入想要檢索的的內容即可。這里我們可以輸入：基因名、染色體位置以及ecDNA_id。這里我們輸入EGFR。
經過檢索，首先可以看到在那個數據當中含有關于EGFR的eccDNA。  選擇想要了解的ecDNA_id號即可查看具體的ecDNA調控信息。首先可以看到關于這個eccDNA的基本調控特征  CircleBase每一個調控信息融合了多個數據庫的結果。點擊具體的某一個調控信息，也可以看到不同數據庫的結果。  以上就是CircleBase的主要使用方法。如果有多個基因需要檢索的話，可以點擊Search進行批量檢索。  總的來說以上就是CircleBase的主要使用方法了。eccDNA目前來說還算一個新的研究方向。相關的數據庫也不多。如果想要研究eccDNA的話可以嘗試使用這個數據庫來分析一下。 |
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