【原】eccDNAdb｜腫瘤染色體外環狀DNA數據庫

染色體外環狀DNA（eccDNA）屬于線性的染色體DNA的一個擴展。之前對于eccDNA的基本特征，我們基于一個綜述進行了簡單的介紹: [[eccDNA基本內容]]。而關于eccDNA相關的數據庫，目前一共也才有兩個在線數據庫。之前我們介紹了[[CircleBase-eccDNAs綜合性分析數據庫]]。今天就來介紹另外一個數據庫：eccDNAdb: http://www./

背景數據集介紹

eccDNAdb利用公開的WGS以及之前發表的一些文獻。一共收集了1270個eccDNAs。1270個eccDNA當中包括了54901個基因。對于收集到的這些eccDNA-gene。作者又使用了[[CCLE-腫瘤細胞系百科全書 v2.0-數據下載]]以及TCGA數據庫對eccDNA-gene在腫瘤當中的特征進行了分析。

數據庫使用

eccDNAdb提供了三個功能：1. 瀏覽數據庫當中的作用功能；2. 基于eccDNA/Gene/Cancer/Tissue/Sample Type來檢索指定的結果；3. 基于ATAC-seq的數據觀察eccDNA和染色體可及性的關系。

其中在檢索功能當中，我們在輸入想要檢索的內容之后。首先可以看到包含這個內容的所有eccDNA。

點擊具體的eccDNA。首先可以看到關于這個eccDNA的具體信息。其中包括eccDNA的主組成片段，檢測的具體腫瘤類型。

再往下可以看到在這個eccDNA當中包括的所有基因。

另外，由于eccDNA上的基因并不是新產生的基因，所以對于同樣也可以分析這些基因在TCGA/CCLE當中的基本表達情況。

在進行分析之前，首先需要選擇想要分析的基因。點擊gene list當中的基因就可以進行選擇。

選擇之后就可以觀察基因在TCGA/CCLE當中的作用。主要的分析包括觀察基因表達水平在腫瘤的分布；癌和正常的差異；和預后的關系以及在[[STRING-蛋白相互作用數據庫使用]]數據庫當中蛋白相互作用的關系。

除了可以觀察eccDNA當中的基因和腫瘤的關系之外。基于檢測到的eccDNA片段以及TCGA的ATAC-seq。我們還可以觀察eccDNA和染色質可及性的關系

ATAC的數據庫可見：[[ATACdb-人類染色質開放狀態數據庫]]。同樣的關于基因瀏覽器如果看不懂可以查看：[[UCSC Genome Browser-基因瀏覽器]]

總的來說

以上就是eccDNAdb的主要使用方法。和[[CircleBase-eccDNAs綜合性分析數據庫]]相比較。這個更多的用來分析檢測到的eccDNA-gene和腫瘤的表達/預后等關系。而CircleBase則主要用來分析eccDNA主要的調控功能。