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免疫細(xì)胞組成的「防衛(wèi)軍團(tuán)」是免疫系統(tǒng)的重要組成部分，其中T細(xì)胞受體(TCR)和B細(xì)胞受體(BCR)的信息對免疫研究有著重要意義。 BD Rhapsody單細(xì)胞平臺全新推出全長VDJ測序，不僅包括了多樣性最高的CDR3區(qū)域，更是覆蓋完整的FR1-4以及CDR1-3區(qū)域，并且可與全轉(zhuǎn)錄組、靶向轉(zhuǎn)錄組、膜蛋白組結(jié)合，不斷拓展單細(xì)胞研究維度。 在獲取了TCR/BCR的全長序列信息之后，如何對這些數(shù)據(jù)進(jìn)行有效分析，得到具有生物學(xué)意義的結(jié)果，卻往往讓人不知從何入手。 今天小海膽會帶大家一起學(xué)習(xí)如何使用SeqGeq?軟件來分析單細(xì)胞TCR/BCR測序數(shù)據(jù)，解決大家的疑問。 1 什么是免疫組庫？ 編碼TCR/BCR蛋白的基因包含了V區(qū)、 D區(qū)和J區(qū)的基因片段這些不同類型的基因片段可以隨機(jī)重組，產(chǎn)生帶有不同受體的T/B細(xì)胞免疫組庫。TCR由兩條鏈組成（αβ配對或γδ配對），BCR則由重鏈H和輕鏈L（κ型或λ型）構(gòu)成。TCR / BCR的多樣性對免疫系統(tǒng)的功能至關(guān)重要，TCR / BCR的變化可用于癌癥、自身免疫病等的研究。 V、D、J具有多種重排方式 正常人免疫組庫的多樣性遠(yuǎn)高于白血病、淋巴瘤等疾病狀態(tài) 2 SeqGeq助力單細(xì)胞VDJ數(shù)據(jù)分析 SeqGeq?在分析下游轉(zhuǎn)錄組、蛋白組數(shù)據(jù)的同時，可以通過插件VDJ explorer分析VDJ BCR/TCR數(shù)據(jù)，簡單易用，無需編寫代碼，操作界面十分友好。 3 SeqGeq? VDJ數(shù)據(jù)分析流程 導(dǎo)入樣本轉(zhuǎn)錄組表達(dá)矩陣，可進(jìn)行質(zhì)控、降維、分群等分析。 選中導(dǎo)入的樣本表達(dá)矩陣（注：WTA全轉(zhuǎn)錄組，導(dǎo)入runName_RSEC_MolsPerCell.csv文件，TTA靶向轉(zhuǎn)錄組，導(dǎo)入runName_DBEC_MolsPerCell.csv），依次點擊Workspace-Plugin-VDJ explorer，調(diào)取VDJ explorer插件，在METADATA界面，添加VDJ數(shù)據(jù)（注：BD pipeline 分析結(jié)果文件夾里面runName_VDJ_perCell.csv文件）。 左側(cè)切換至CLONOTYPES，SeqGeq?按照含有的細(xì)胞數(shù)量排列TCR/BCR克隆型。Ctrl鍵選擇所需的克隆型（如Top10, Top25等）。右側(cè)CHART TYPE可選圖表類型（如餅圖、柱狀圖），右側(cè)X AXIS選擇展示的對象（如V基因、CDR3區(qū)等），直觀展示克隆型的比例，配對鏈的類型（TCR: αβ或γδ，BCR: 重鏈H、輕鏈L）。 圖表參數(shù)可調(diào)： CLONOTYPES界面選擇顯示細(xì)胞，選中克隆型（如Top10）對應(yīng)的細(xì)胞，右擊出現(xiàn) “Population from Selection” ，會在layout界面生成VDJ細(xì)胞亞群。在后續(xù)的分析中可與不同的細(xì)胞群疊加，方便查看這些克隆型在細(xì)胞群的分布。 如何獲取SeqGeq? VDJ explorer？ 目前SeqGeq?可免費(fèi)試用60天，帶有Demo數(shù)據(jù)可供分析練習(xí)，并有操作演示視頻可供觀看，快來試用吧！ 1.下載VDJ explorer插件 |
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