新疆的國土面積最大，不過高等教育并不發(fā)達。新疆一共有20所本科院校，公辦的有16所。
第一層次
第一層次的大學(xué)包括中國石油大學(xué)（北京）克拉瑪依校區(qū)、新疆大學(xué)和石河子大學(xué)。
這三所大學(xué)都是211大學(xué)。
中國石油大學(xué)（北京）克拉瑪依校區(qū)嚴格意義上來說，不是新疆的高校。中國石油大學(xué)有兩所，一所在山東，另外一所在北京。北京的又分成兩個校區(qū)，克拉瑪依校區(qū)是2015年揭牌的。克拉瑪依油田是我國西部最大的油田，克拉瑪依市是我國西部最重要的石化基地，因此需要大量的相關(guān)人才。新疆的高等教育跟內(nèi)陸相比，有不小的差距，中國石油大學(xué)（北京）在克拉瑪依辦一個校區(qū)，可以非常迅速地滿足各方需求。這幾年中國石油大學(xué)克拉瑪依校區(qū)的錄取分數(shù)線也逐年走高，越來越受到學(xué)生的歡迎。
新疆大學(xué)應(yīng)該算是新疆地區(qū)的第一高校，在烏魯木齊，于1960年成立，1978年成為新疆地區(qū)的唯一一所全國重點大學(xué)，16所綜合性重點大學(xué)之一。在2000年，新疆大學(xué)和新疆工學(xué)院合并。在2017年的雙一流工程中，還入選了一流大學(xué)B類，表明國家對新疆大學(xué)的重視，不過第二輪雙一流工程對B類淡化了。新疆大學(xué)的王牌學(xué)科有：中國少數(shù)民族語言文學(xué)、數(shù)學(xué)、經(jīng)濟學(xué)、環(huán)境、馬克思主義哲學(xué)、化學(xué)、計算機等。
石河子大學(xué)在石河子市，是的第一學(xué)府。石河子市曾經(jīng)是的總部所在地，現(xiàn)在的總部所在地搬到了烏魯木齊市了。石河子大學(xué)是在1996年，由石河子醫(yī)學(xué)院、石河子農(nóng)學(xué)院、兵團師范專科學(xué)校、兵團經(jīng)濟專科學(xué)校合并組建而成。
新疆大學(xué)跟石河子大學(xué)比，沒有農(nóng)學(xué)和醫(yī)學(xué)，而石河子大學(xué)有農(nóng)學(xué)和醫(yī)學(xué)，因此有些外省市的人去石河子大學(xué)讀醫(yī)學(xué)，覺得性價比不錯。其實石河子大學(xué)的農(nóng)業(yè)也非常不錯，新疆地大物博，氣候特殊，是我國非常重要的一個農(nóng)業(yè)基地。石河子大學(xué)的王牌專業(yè)有：化工、農(nóng)學(xué)、農(nóng)林經(jīng)濟管理、農(nóng)業(yè)機械、動物醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)等學(xué)科。
新疆大學(xué)對口援助的組長是清華，石河子大學(xué)對口援助的組長是北京大學(xué)。希望將來這兩所大學(xué)發(fā)展越來越好。
第二層次
第二層次的大學(xué)包括：新疆醫(yī)科大學(xué)、新疆師范大學(xué)、新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)、新疆財經(jīng)大學(xué)。
新疆醫(yī)科大學(xué)的前身之一是新疆醫(yī)學(xué)院，這是國家“一五”計劃156個重點項目之一，學(xué)校創(chuàng)建于1954年，在1998年，與新疆中醫(yī)學(xué)院合并成立新疆醫(yī)科大學(xué)。現(xiàn)新疆醫(yī)科大學(xué)有5個一級學(xué)科博士點，王牌專業(yè)有：臨床醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合。
新疆師范大學(xué)是改革開放后建設(shè)的第一批大學(xué)，創(chuàng)建于1978年，其前身是烏魯木齊市第一師范學(xué)校和新疆教師培訓(xùn)部。不過新疆師范大學(xué)發(fā)展很快，1993年開始招收碩士生，現(xiàn)在有6個一級學(xué)科博士點。它的馬克思主義學(xué)院是全國重點馬克思主義學(xué)院，其他王牌專業(yè)有：維吾爾語言、美術(shù)學(xué)、教育學(xué)和體育學(xué)等。
新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)的前身為八一農(nóng)學(xué)院，是由王震將軍于1952年創(chuàng)建的，1995年更名為新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)。新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)有個林場，占地有15萬畝，面積不小，不過比不了東北林業(yè)大學(xué)，中國面積最大的大學(xué)，有48萬畝。新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)有8個一級學(xué)科博士點：水利工程、農(nóng)業(yè)工程、作物學(xué)、園藝學(xué)、畜牧學(xué)、獸醫(yī)學(xué)、草學(xué)、農(nóng)林經(jīng)濟管理。
新疆財經(jīng)大學(xué)的前身是新疆省人民政府干部培訓(xùn)班；1959年升格為新疆財經(jīng)學(xué)院，在2000年, 新疆財經(jīng)學(xué)院、新疆經(jīng)濟管理干部學(xué)院和新疆財政稅務(wù)學(xué)校合并，在2007年，升格為新疆財經(jīng)大學(xué)。新疆財經(jīng)大學(xué)在1998年獲得碩士學(xué)位授予權(quán)，現(xiàn)有一個應(yīng)用經(jīng)濟學(xué)一級學(xué)科博士點。
第三層次
第三層次的大學(xué)包括：塔里木大學(xué)、喀什大學(xué)、伊犁師范大學(xué)。
塔里木大學(xué)的前身可追溯到1958年，由王震將軍創(chuàng)辦，原名叫塔里木農(nóng)墾大學(xué)，王震將軍生前一直是名譽校長，在2004年，改名為塔里木大學(xué)。從歷史可以看出，農(nóng)學(xué)是學(xué)校的特色和王牌
喀什大學(xué)創(chuàng)建于1962年，是自治區(qū)最早的五所學(xué)校之一，當(dāng)時是喀什師范專科學(xué)校，1978年升格為本科院校，2015年改名為喀什大學(xué)。2003年獲得碩士授權(quán)點，現(xiàn)有5個一級學(xué)科碩士點，王牌學(xué)科有：教育學(xué)、中國語言文學(xué)和化學(xué)。
伊犁師范大學(xué)的前身是1948年成立的新疆省立伊犁專科學(xué)校，1980年升格為本科院校，改名為伊犁師范學(xué)院，2018年再次改名為伊犁師范大學(xué)。現(xiàn)在，伊犁師范大學(xué)有8個一級學(xué)科碩士點，包括：教育學(xué)、數(shù)學(xué)、物理學(xué)、化學(xué)、生物學(xué)、中國語言文學(xué)、思想政治教育和法學(xué)。
第四層次
新疆工程學(xué)院、昌吉學(xué)院、新疆理工學(xué)院、新疆科技學(xué)院、新疆第二醫(yī)學(xué)院。
新疆工程學(xué)院前身是新疆煤礦學(xué)校，創(chuàng)建于1958年，2012年升格為本科院校，改名為新疆工程學(xué)院，比較強的專業(yè)有：采礦、資源勘查、電氣工程及其自動化、機械、安全工程、礦物加工工程等。
昌吉學(xué)院的前身是成立于1959年的昌吉師范學(xué)校，2001年升格為本科院校，改名為昌吉學(xué)院。昌吉學(xué)院比較好的專業(yè)有：教育學(xué)、材料、數(shù)學(xué)、能源與動力、計算機等。
新疆理工學(xué)院在阿克蘇，前身是新疆大學(xué)科學(xué)技術(shù)學(xué)院，在2019年轉(zhuǎn)設(shè)為公辦大學(xué)，比較好的專業(yè)有：通信工程、機械、計算機、物流工程、過程裝備等。
新疆科技學(xué)院在庫爾勒，前身是新疆財經(jīng)大學(xué)商務(wù)學(xué)院，2019年轉(zhuǎn)設(shè)為公辦大學(xué)，比較好的專業(yè)是：會計學(xué)、金融學(xué)、財務(wù)管理、人力資源管理。
新疆第二醫(yī)學(xué)院在克拉瑪依市，前身是新疆醫(yī)科大學(xué)厚博學(xué)院，在2021年轉(zhuǎn)設(shè)為公辦大學(xué)。
其他行業(yè)院校
其他行業(yè)院校包括：新疆藝術(shù)學(xué)院、新疆警察學(xué)院。
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