恰好這兩天有一個學徒也是遇到了同樣的報錯，沒有第一時間去修改版本，而是嘗試讀源代碼方式解決： 因為服務器網絡臨時出現了問題，但是項目比較急，就不得不本地跑單細胞擬時序分析的monocle2包 ，運行腳本如下：
到cds <- orderCells(cds)這一步的時候報錯了 if(class(projection) != 'matrix') -> error projection <- as.matrix(projection) 將問題復制粘貼到bing搜索框，看到了github上關于這個問題的討論，其中這個解答就是大家總結出來的解決方法： https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/issues/434#issuecomment-1159781524
我們按照上面提供的方法一步步操作 1.從這個網址上下載monocle https://www./packages/3.15/bioc/src/contrib/Archive/monocle/
2.解壓之后得到一個monocle文件夾 3.打開這個文件夾R文件夾下面的order_cells.R腳本
打開腳本，將1620和1621行的代碼從 if(class(projection) != 'matrix') 修改為 projection <- as.matrix(projection)
保存腳本，在R studio 的Console的位置用.libPaths()查找出R包的安裝位置如下： .libPaths() 根據這個路徑找到library文件夾（如果是mac電腦，直接將以上文件路徑復制到聚焦搜索框就能快速定位到文件位置） 將改好的monocle文件拖進library文件夾后，在 R studio,中輸入以下命令來加載這個包 devtools::load_all("path to the location/monocle") 然后再次運行orderCells函數，問題就解決了！（這個回答是這么說的） 但是！！！當我滿心歡喜期待問題解決的時候，運行orderCells仍然出現同樣的報錯，問題依然存在！ 于是我懷疑剛剛改過的包并沒有被成功加載，加載的，是之前新版本的monocle包，于是我重啟R studio ，重新來了一遍，發現到monocle加載不了，顯示沒有這個包，推測這是因為我修改后的monocle包雖然被我拖到library文件夾中了，但是并沒有被成功安裝，然后繼續查看剛剛github中的回答，發現有這么一條
按照這個方法install這個包，然后再load，仍然不成功 這時候出現了一個我之前一直不知道的R包的安裝方法，那就是 在monocle文件夾下新建一個Rproj文件，然后打開這個文件，右上方的install and restart按鈕，包就會被安裝上。
用這個方法安裝上monocle包之后，再load，成功了，再次運行orderCells，成功了！ 到此，這個問題成功解決！！！！然而？ 問題真的解決了嗎？ 繼續運行腳本，在運行到BEAM函數運行的時候又出現了如下報錯： > BEAM_res <- BEAM(cds[expressed_genes[1:20],], branch_point = 1, cores = 1) Error in if (progenitor_method == "duplicate") { : the condition has length > 1 Called from: buildBranchCellDataSet(cds = cds, branch_states = branch_states, branch_point = branch_point, branch_labels = branch_labels, ...) 截圖如下：
然而在服務器上運行同樣的代碼，其實也出現了同樣的提示，但不是Error是warning，然后代碼仍然可以繼續運行下去，截圖如下：
仔細看github上關于這個問題的討論， 發現有人和我碰到了一樣的問題 https://github.com/cole-trapnell-lab/monocle-release/issues/434#issuecomment-1162077298
當然往后翻，是有人給出解決方法的，又是和order cells一樣，去修改源代碼
但到這里，我已經不想改了，暫時放棄在本地運行monocle 總結一下，這次debug，最初始的問題是解決了但是從整體來看又不算完全解決，或許最干脆的方法是降級R和/或R studio，不然不知道下次在哪個函數上又碰到報錯要去修改源代碼。 不過在這個過程中，我對R包的認識又上了一個新的臺階，以前只知道安裝它，加載它，除了這個包叫什么名字，有哪幾個常用函數之外，其他一概不了解。這是第一次深入R包內部看到它的源代碼，看到我們用一個函數實現的功能的背后是動輒幾千行代碼，由衷佩服，致敬所有R包開發人員！ |
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