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后白河法皇的院政直到1192年法皇逝世才宣告終結。此后朝政由關白九條兼實執掌。法皇執政期間，一直避免給予源賴朝“征夷大將軍”的稱號。兼實執政期間，授予了源賴朝“征夷大將軍”的稱號，但在源通親的建議下，不準賴朝將女兒大姬嫁入宮中。兼實的女兒任子是后鳥羽天皇的中宮，未生皇子。1195年源通親的養女源在子為天皇誕下一子（即后來的土御門天皇）之后，次年京都就發生了政變，九條任子就被廢去中宮之位，其父兼實也被罷免官職。這次政變的幕后主謀就是源賴朝。 建久9年（1198年）1月11日，后鳥羽天皇禪位給了兒子為仁親王，是為土御門天皇。此后，后鳥羽上皇開設院政，輔佐土御門、順德、仲恭三代天皇。他積極對院政進行改革，并在1199年源賴朝死后對鐮倉幕府持強硬態度，試圖將鐮倉幕府控制在自己手里。源賴家被廢黜后，源千幡被上皇賜名“實朝”，立為鐮倉幕府第三代將軍，試圖擴大朝廷在幕府的影響力。在源實朝擔任將軍的時期，朝廷和幕府之間的關系十分親睦。上皇曾提出“宮將軍”的構想，也就是讓親王出任將軍。但實朝被暗殺后，朝廷和幕府的關系惡化，幕府拒絕了朝廷的“宮將軍”構想。 承久元年（1219年），內里守護源賴茂率西面武士嘩變，最終被鎮壓。其原因，一說是賴茂試圖脅迫上皇讓他當上將軍，另一說是要求上皇下達討幕的院宣。包括仁壽殿、宜陽殿、校書殿在內的許多宮殿被燒毀。上皇下令向全國征收重建宮殿的費用，但鐮倉幕府轄下的東國地頭皆拒絕向朝廷朝貢。這使朝廷和幕府的關系急劇惡化。 承久3年（1221年）5月14日，后鳥羽上皇下達了討伐時任幕府執權北條義時的院宣，并召集畿內、近國的武士討伐幕府，史稱承久之亂。北條義時率軍反擊，朝廷軍大敗。二個月后的7月9日，北條義時的兒子泰時率19萬大軍上京，將后鳥羽上皇流放隱歧島，順德上皇流放佐渡島，土御門上皇流放土佐國。后鳥羽上皇的皇子雅成親王流放但馬國、賴仁親王流放備前國。同時廢黜了順德上皇的兒子仲恭天皇，擁立后鳥羽上皇哥哥守貞親王的兒子茂仁王為新的天皇，是為后堀河天皇；守貞親王則以太上天皇的身份執掌院政，是為后高倉院。 后鳥羽上皇在流放隱岐島之前出家。延應元年（1239年）2月20日，后鳥羽上皇在隱歧島逝世。同年5月謚顯德院。四條天皇逝世后，后高倉院一脈斷絕，后其孫后嵯峨天皇即位，于仁治3年（1242年）7月改其院號為后鳥羽院 |
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