20世紀初，荷蘭在印尼廢棄種植制度并加大對印尼的教育、交通投入，想借此緩解當地人的不滿情緒。
這讓印尼涌現出一批本土精英，這一群體接觸并傳播了民族主義，反而推動了印尼的獨立運動。
此時的西巴布亞仍是荷屬東印度的邊緣地帶，荷蘭未進行任何實質性開發。唯有基督教傳教士在荷蘭政府支持下，成為深入內陸、建立據點、接觸部落、提供基礎教育和醫療的主力軍，大量巴布亞人放棄原始宗教皈依基督新教。
1918年一戰結束后，英國占領整個東巴布亞，后將其轉交澳大利亞管理，新幾內亞島從“一島三國”變成“東西分治”。
20世紀上半葉，印尼獨立浪潮愈演愈烈。獨立運動由爪哇、馬來等南島民族主導，刀耕火種的巴布亞人壓根沒有參與，偏遠的西巴布亞甚至是荷蘭人關押印尼獨立分子的地方。
1941年，日本入侵東南亞，扶持印尼地方勢力。二戰后荷蘭重返印尼，但已無力剿滅印尼獨立軍，荷蘭被迫在1949年簽署《海牙協議》，將除西巴布亞以外的荷屬東印度主權讓渡給印尼，印尼成為東南亞最先取得獨立的國家。
獨立戰爭時的印尼民族主義者高喊“從薩邦到梅拉烏克”口號，薩邦位于蘇門答臘島，是印尼最西端。而梅拉烏克位于西巴布亞，被認為是印尼的最東端，顯然印尼認為西巴布亞是本國領土。
荷蘭認為西巴布亞在各方面都與印尼差異巨大，況且當地的巴布亞人歡迎荷蘭人回來（借此獲得經濟援助）。
新生的印尼沒有實力強迫荷蘭吐出西巴布亞，印尼獨立后，荷蘭在西巴布亞建立荷屬新幾內亞殖民地，東巴布亞則在澳大利亞控制下。
荷蘭試圖扶植成立一個獨立的親荷蘭國家，以保留在太平洋地區的利益。為此荷蘭積極培育巴布亞人的政治和民族意識，巴布亞人大量進入當地政府和軍警系統，為西巴布亞獨立做好準備。
1960年，荷蘭成立了主要由巴布亞人組成的新幾內亞理事會，該委員會擁有準政府地位。1961年，該理事會通過了關于巴布亞國歌、國旗、國名的政治宣言，這被看作西巴布亞獨立的標志。荷蘭還在聯合國發動外交攻勢，為西巴布亞獨立做鋪墊。
獨立后的印尼，國土面積位居東南亞第一，綜合國力居地區前列。且印尼是東南亞最早獨立的南島民族國家，這讓印尼人產生了“大印度尼西亞”思潮，意圖領導并整合馬來西亞、文萊等南島民族地區，受此影響，印尼更不會放任荷蘭推動西巴布亞獨立。
1962年1月，印尼成立“解放”西巴布亞的司令部，與荷蘭在阿拉弗拉海域爆發激烈沖突。
時任印尼總統的蘇加諾不斷對美國施壓，威脅向蘇聯尋求支持。1960-1964年，印尼獲得價值超過9.5億美元的蘇聯軍事援助。
冷戰背景下的美國顯然不想讓印尼倒向蘇聯，美國只得在西巴布亞問題上支持印尼。
在美國的壓力下，1962年8月，荷蘭被迫和印尼簽訂《紐約協定》。西巴布亞獨立進程中止，荷蘭將當地管理權移交聯合國，再由聯合國移交給印尼。印尼承諾在1969年舉行公投，由當地人決定受否留在印尼。
1963年5月1日，印尼正式接管西巴布亞，在公投舉行前暫時實行軍事管制，隨后而來的便是大規模“去巴布亞化”行動。
印尼公開焚燒西巴布亞文物、教科書和巴布亞晨星旗（計劃的西巴布亞國旗），晨星旗與巴布亞國歌一起被禁止。巴布亞人還被逐出當地政府，印尼人取代了他們的位置。
與此同時，印尼為實現“大印尼主義”，與馬來亞（馬來西亞前身）爭奪北加里曼丹島而爆發沖突，印尼最終敗北。為反對馬來西亞加入聯合國，印尼干脆退出了聯合國，由此受到國際社會冷落。
1965年，印尼軍方在蘇哈托領導下發動政變，推翻蘇加諾政府，蘇哈托繼任總統。作為軍事強人，蘇哈托想借吞并西巴布亞提升個人威望。他加緊鎮壓巴布亞武裝，同時拉攏親印尼的巴布亞人勢力。
此時，荷蘭豢養的“巴布亞志愿營”到處煽風點火，鼓吹以暴力手段與印尼政府對抗。
1965年，在“巴布亞志愿營”的基礎上成立了“自由巴布亞組織”(OPM)，主張通過暴力手段在西巴布亞建立獨立國家。該組織不斷襲擊印尼軍方在巴布亞的軍營駐地，印尼則展開報復，1963-1969年，約有３萬名巴布亞人在印尼軍事行動中被殺。
當地人的反抗并未打消印尼吞并西巴布亞的念頭，1969年8月，印尼政府任命的1026名西巴布亞代表投票通過了《自由選擇法案》，同意西巴布亞并入印尼。同年11月聯合國大會以84票贊成、30票棄權通過了第2504號決議，承認印尼享有對西巴布亞的主權。
西巴布亞自此成為印尼的伊里安查亞省，印尼國土增加了22%，但西巴布亞的人口僅150余萬，占當年印尼總人口1.7%，注定巴布亞人很難有足夠的力量與印尼政府對抗。
1967年，印尼與美國礦業公司自由港麥克默倫達成交易，在巴布亞為其提供三十年的港口、礦業開發權利，同時不必向巴布亞人支付污染、征地帶來的損失。
作為回報，該公司每年向印尼支付約600萬美元。因匯率變化，到1999年時，該公司直接和間接向印尼政府支付了102億美元，巴布亞人卻沒有獲得任何經濟回報。
此外，印尼軍警在西巴布亞大施淫威，大量巴布亞人被無端關押、用刑。信仰伊斯蘭教的印尼人看不起信仰異教、經濟落后的巴布亞人，將其與自身的文化差異看作巴布亞人原始落后的表現，從沒有巴布亞人進入印尼政府高層。
1975年，澳大利亞控制的東巴布亞獨立，建立巴布亞新幾內亞（下文簡稱“巴新”），此舉鼓舞了西巴布亞的武裝。同年，葡萄牙退出東帝汶，當地宣布獨立。但在“大印尼思想”主導下，印尼出兵吞并東帝汶。
巴新獨立后便與印尼建交，巴新國力弱小，不愿意在西巴布亞問題上開罪印尼，因此表示尊重印尼主權，不會支持自由巴布亞運動。但不可否認的是，新幾內亞島東西兩端的巴布亞人算是同文同種，兩國長達760公里的邊境線不僅分割了整座島嶼，還切割了共享語言、文化和親屬關系的巴布亞族群。
地理上的毗鄰性使巴新無法回避其西部鄰居的領土紛爭，西巴布亞問題天然成為兩國關系中的核心議題。
但“自由巴布亞”只是一面旗幟，旗下是數支互不統屬的武裝，很難形成合力。其總兵力從未超過3000人，而印尼長年在西巴布亞部署3至5萬軍隊，暴力襲擊無法動搖印尼對西巴布亞的統治。
印尼相繼發動坦帕斯行動 (1967—1970年) 、帕蒙格卡斯行動(1971—1977年)對巴布亞分離運動進行鎮壓。
印尼還將西巴布亞作為其“國內移民計劃”的目的地之一。到1990年，西巴布亞的移民數l量占比已從1971年的4％增長至27％。
穆斯林為主體的移民在文化上與巴布亞人差異巨大，雙方都將彼此看作異教徒。巴布亞人認為移民是非法奪取其家園的入侵者，移民則將巴布亞人看作亟待開化的原始人。
資源掠奪、族群歧視、強制同化等多重壓制下，西巴布亞人生活苦不堪言。冷戰時西方為拉攏印尼，對巴布亞問題采取漠視政策，加劇當地事態惡化。
