【原】不同部位癌癥差異分析是否需要排除組織差異呢？

看到文章：Mol Biol Cell. 2004 Jun; 題目是：Different gene expression patterns in invasive lobular and ductal carcinomas of the breast. 使用基因芯片技術(shù)，測了 21 ILCs, 38 IDCs, two lymph node metastases, and three normal tissues 樣本的表達信息，最后全文的落腳點是 ILCs 和 IDCs的差異表達情況：

Many of the differentially expressed genes between ILCs and IDCs code for proteins involved in cell adhesion/motility, lipid/fatty acid transport and metabolism, immune/defense response, and electron transport.

主要是看聚類熱圖：

Hierarchical clustering of the 64 samples was performed using the selected 4539 clones representing 3341genes whose expression varied more than threefold from the overall mean abundance in at least three samples (Figure 1).

但是浸潤性導管癌（IDC）和浸潤性小葉癌（ILC）起源的細胞就不一樣

• 浸潤性導管癌（IDC）是最常見的乳腺癌類型，起源于乳腺導管，突破管壁后浸潤到乳腺的脂肪組織。因此，IDC 可以通過淋巴系統(tǒng)或血液擴散（轉(zhuǎn)移）到身體其他部位。大約 10 例浸潤性乳腺癌中有 8 例是 IDC。

• 浸潤性小葉癌（ILC）起源于乳腺小葉，與 IDC 類似，ILC 也可以擴散（轉(zhuǎn)移）到身體的其他部分。大約 10 例浸潤性乳腺癌中有 1 例是 ILC。相比于 IDC，ILC 難通過鉬靶篩查出來。

那么這樣的 ILCs 和 IDCs的差異是否是病理性的差異呢？還是組織特異性差異？

不過因為這個文章發(fā)表時間太早了，所以他們并沒有上傳芯片數(shù)據(jù)，沒辦法復現(xiàn)文章部分圖表。

不過發(fā)表在 Breast Cancer Res Treat. 2012 Aug;1文章題目是：Gene expression profiling of tumour epithelial and stromal compartments during breast cancer progression.對17個病人的87個FFPE樣本進行表達量檢測，包括：

• IDC-S (<3 mm from IDC),

• DCIS-S (<3 mm from DCIS)

• breast cancer associated-normal stroma (BC-NS; >10 mm from IDC or DCIS)

取樣策略是：

數(shù)據(jù)公布在：https://www.ncbi.nlm./geo/query/acc.cgi?acc=GSE35019

主要是分析差異基因：42 and 16 genes were up- and down-regulated in DCIS compared to IDC

雖然差異基因還是統(tǒng)計學檢驗得到的，但它真的是 DCIS和IDC的病理性差異嗎？

如果你學習了我在B站74小時視頻，就可以很容易使用我在GitHub的GEO代碼，復現(xiàn)文獻圖表，或者挖掘一下，是不是有其它可能呢？

https://github.com/jmzeng1314/GEO