由于增值稅收入確認時點與企業所得稅確認時點不一致，建筑企業的兩稅收入產生差異是正常的。
增值稅的收入確認時點，以其納稅義務發生時間為依據，具體包括收取工程進度款時間、開具帶稅率發票時間、書面合同約定的收款時間、以及竣工驗收的時間。
對于一般的工程而言，以收取工程進度款時間、開具帶稅率發票時間、書面合同約定的收款時間三個時間較早的為準。對于特殊的工程項目，如三個時間均不存在，即，沒有收款沒有開具帶稅率發票，書面合同也沒有約定收款時間或者壓根兒就沒有簽訂書面合同，則以竣工驗收時間作為增值稅納稅義務發生時間。
建筑企業的質保金還有特殊規定，如果業主扣留質保金時建筑企業未提前向其開票，則以實際收取質保金的時間作為增值稅納稅義務發生時間，實際收取的質保金金額作為增值稅收入確認金額。
因此，增值稅收入確認時點以發票開具和資金收取（或應收取）為依據，對應的是建筑企業項目的工程款結算環節。倘若某工程為BT項目模式，業主平常不支付工程款，建筑企業亦不提前向業主開具發票，工程款在竣工結算3年后支付，則其增值稅收入應在竣工結算3年后確認。
而企業所得稅的收入確認，以權責發生制為基礎，具體到建筑勞務收入，應當遵循國稅函〔2008〕875號的規定，對于勞務交易的結果能夠可靠估計的，按照完工百分比法確認年度收入。
根據875號文的規定，完工進度確定方法有三種：1.已完工作的測量；2.已提供勞務占勞務總量的比例；3.發生成本占總成本的比例。
可以看出，三種完工進度均與收款或開票金額無關，因此，某一年度某一項目，企業所得稅收入的確認金額與增值稅收入的確認金額，不一致是常態，一致是特例。
什么情況下兩稅收入會一致呢？比如某項目在一個納稅年度內竣工結算，且全部收款或者全部開票，或者合同約定的收款時間到達，則兩稅收入會一致。
綜上，稅務機關的觀點沒有政策依據，你公司應加大與稅務機關的溝通力度，如對方仍然簡單粗暴、一意孤行，建議你單位做好證據保全工作，拿起法律武器維護自身權益。
