1941年1月4～11日，新四軍軍部及所屬皖南部隊9000余人奉命北移，在茂林地區遭國民黨頑軍7個師8萬人的圍攻，新四軍堅持奮戰7晝夜，除2000余人突圍外，大部犧牲或被俘，這就是震驚中外的"皖南事變"。
重建軍部
皖南事變發生后，為維護抗日民族統一戰線，堅持華中敵后抗戰，中共中央同國民黨頑固派進行了針鋒相對的斗爭。為了直接對抗國民黨政府軍事委員會1月17日關于撤銷新四軍番號的通令，1月20日，中共中央政治局召開會議，決定重建新四軍軍部，并確定了領導人。當日，毛澤東為中共委軍中央起草的重建新四軍軍部的命令在延安發布：
任命陳毅為國民革命軍新編第四軍代理軍長，張云逸為副軍長，劉少奇為政治委員，賴傳珠為參謀長，鄧子恢為政治部主任。
新四軍代軍長陳毅
中共華中局書記、新四軍政治委員劉少奇
1月23日，新四軍將領陳毅、張云逸、劉少奇、賴傳珠、鄧子恢發表就職通電。
1月25日下午，新四軍軍部重建大會在蘇北鹽城隆重舉行。新四軍領導和指戰員、鹽城各界代表1000多人參加了會議。會上，新四軍政治委員劉少奇宣讀了中共委軍中央關于重建新四軍軍部的命令，代軍長陳毅發表就職演說，鄭重宣布:"皖南事變我們損失了軍部，現在軍部又恢復了。皖南事變我們有幾千個指戰員犧牲，但我們今天還有9萬人的強大力量"。"我們相信，有了軍民一致團結的力量，我們是一定能夠勝利的"，"一定有把握打倒口本帝國主義，一定有把握打倒親日派、反共頑固派。"
以華中新四軍八路軍總指揮部為基礎組建的新四軍新軍部，設司令部、政治部、供給部、衛生部、軍工部。軍部重建之初，司令部駐鹽城城南1公里外的熊家祠堂，政治部駐城西2公里處的倉頭，供給部駐城西護城河橋堍民房，衛生部駐城東南海神廟，軍工部駐龍鳳鎮南寺大廟。3月8日，陳毅、劉少奇和司令部移駐城西泰山廟。
鹽城新四軍重建軍部舊址泰山廟
整編部隊
新四軍軍部重新成立后，整編部隊是當務之急。新四軍原部隊有的叫支隊，有的叫縱隊，有的叫義勇軍，名稱多樣，建制不統一，不利于加強部隊建設和指揮作戰。重建軍部后，新四軍代軍長陳毅、政治委員劉少奇準備將新四軍整編為4個師。1941年2月2日，毛澤東、朱德、王稼祥致電劉少奇、陳毅，指示新四軍已成為全國人民心目中極榮譽的軍隊，應將八路軍第四縱隊、第五縱隊各編為新四軍1個師。接著又指示將皖南突圍部隊編為1個師。這樣，就將隴海鐵路以南、長江南北地區的新四軍、八路軍部隊統一整編為新四軍7個師又1個獨立旅，軍直屬單位還有特務團、總兵站、抗日軍政人學華中第5分校、魯迅藝術學院華中分院，共9萬余人。
整編后，新四軍編制部隊為：每師轄3旅，每旅轄3團（第六、第七師編制不足），師部直轄轄特務團、警衛團、獨立團等。各師人數多少不一，而且相差懸殊。據整編后各師統計:除第六、第七師都不足萬人外，其他各師都在萬人以上，最多的兩萬人。
皖南事變前，由于國民黨當局的限制，新四軍沒有政治委員這一職務。皖南事變后，新四軍職務完全由中共中央革命軍事委員會來決定和任命，軍、師、旅、團各級都設立了政治委員，加強了各級政治機關的建設，建立健全了各項政治工作制度。
1941年2月18日，中共委軍中央發布命令任命新四軍各師領導：
1.粟裕為新四軍第一師師長，劉炎為政治委員。
2.張云逸為新四軍第二師師長，羅炳輝為副師長，鄭位三為政治委員。
3.黃克誠為新四軍第三師師長兼政治委員。
4.彭雪楓為新四軍第四師師長兼政治委員。
5.李先念為新四軍第五師師長兼政治委員。
6.譚震林為新四軍第六師師長兼政治委員。
7.張鼎丞為新四軍第七師師長，曾希圣為政治委員。
6月4日，委軍中央又任命了新四軍各旅領導干部。
新四軍整編后的7個師
第一師由原蘇北指揮部所屬部隊編成，粟裕任師長，劉炎任政治委員，鐘期光任政治部主任，下轄第一、第二、第三旅，另轄11個地方獨立團和聯合抗日司令部 (聯抗)，共1.1萬余人。
新四軍第一師師長粟裕
新四軍第一師在抗日戰爭中，轉戰蘇南、蘇中、浙西，殲日偽軍6.6萬余人。到大反攻前，主力部隊發展到3.1萬余人，組建地方武裝6000余人。
新四軍第一師師部舊址
第二師由原江北指揮部所屬部隊編成，新四軍副軍長張云逸兼師長，鄭位三任政治委員，羅炳輝任副師長，周駿鳴任參謀長，郭述申任政治部主任(未到職)，下轄第四、第五、第六旅，另轄津浦路東、路西兩個聯防司令部，全師共1.8萬余人。
新四軍副軍長兼第二師師長張云逸
第二師在抗日戰爭中，殲敵2萬余人。到大反攻前，主力部隊發展到3萬余人，組織地方武裝1.1萬余人。
新四軍第二師師部舊址
第三師由活動于淮北地區津浦鐵路以東、淮海、鹽阜地區的八路軍第五縱隊編成，黃克誠任師長兼政治委員，彭雄任參謀長，吳法憲任政治部主任，下轄第七、第八、第九旅，另轄淮區軍海，共 2萬余人。第三師領導機關成立之初，兼蘇皖區軍。
新四軍第三師師長兼政委黃克誠
第三師在抗日戰爭中,殲敵6萬余人。至大反攻前,主力部隊發展到2.8萬余人，組建地方武裝2.2萬余人。
新四軍第三師師部舊址和紀念館
第四師由活動于隴海鐵路以南、淮河以北、津浦鐵路兩側地區的八路軍第四縱隊編成，彭雪楓任師長兼政治委員,張震任參謀長,蕭望東任政治部主任，下轄第十、第十一、第十二旅及肖縣獨立旅；全師約1.5萬人。
新四軍第四師師長兼政委彭雪楓
新四軍第四師師部舊址紀念館
第四師在抗日戰爭中,殲敵6萬余人。到大反攻前,主力部隊發展到3.2萬余人，地方武裝2.3萬余人。
1941年11月18日，陳毅代軍長(中)、張云逸副軍長(右三)、第四師師長彭雪楓(左四)等在新四軍第四師師部。
第五師由新四軍豫鄂挺進縱隊編成，師長兼政治委員李先念，參謀長劉少卿，政治部主任任質斌，下轄第十三、第十四、第十五旅及第一、第二縱隊和鄂豫邊區抗日保安司令部，共1.5萬余人。
新四軍第五師師長兼政委李先念
在抗日戰爭中，新四軍第五師對敵作戰l200余次，殲日偽軍4.1萬余人，殲頑軍4.3萬余人；部隊發展到5萬余人，組建民兵30余萬人。
新四軍第五師司令部舊址
第六師由江南新二支隊所屬部隊和江南人民抗日救國軍編成，譚震林任師長兼政治委員,羅忠毅任參謀長，下轄第十六旅、第十八旅及江南保安司令部，共8000余人。
皖南事變后，譚震林任新四軍第六師師長兼政委
新四軍第六師師長兼政委譚震林
第六師在抗日戰爭中,共殲日偽軍1.6萬余人。1942年11月，第六師師部與第一師師部合并，第十八旅歸第一師建制。1945年1月第十六旅改為蘇浙區軍第一縱隊，到大反攻前，第一縱隊主力發展到8000余人。
新四軍第六師師部駐地舊址
第七師由原無為游擊縱隊、第三支隊挺進團及皖南突圍出來的部隊合編而成，張鼎丞任師長(未到任),曾希圣任政治委員，李志高任參謀長（后為孫仲德），何偉任政治部主任，下轄第十九旅、挺進團等，全師共3000余人。
新四軍第七師師長張鼎丞
第七師在抗日戰爭中，共殲日偽軍2萬余人。到大反攻前，主力部隊發展到2萬多人，地方武裝7000多人。
新四軍第七師司令部舊址
新四軍新軍部的成立是全國抗戰的一件大事，它標志著新四軍力量的發展壯大，使全軍的領導與指揮更加統一，更加堅強，標志著新四軍進入了一個新的發展時期，表明新四軍將獨立自主地肩負起華中敵后抗戰的任務。
新四軍紀念館
